数据集概述
本数据集属于秀丽隐杆线虫行为数据库,记录了MT7988品系(携带bas-1(ad446)III突变)成年雌雄同体线虫的行为实验数据。实验于2009年12月17日在英国MRC分子生物学实验室完成,采用NGM低蛋白胨培养基和OP50食物源,使用tierpsy软件追踪分析线虫行为,包含原始追踪、特征提取及标准化格式的三类文件。
文件详解
- 原始追踪数据文件
- 文件名称:
bas-1 (ad446) on food R_2009_12_17__15_52_32___6___9.hdf5
- 文件格式:HDF5
- 字段映射介绍:存储线虫行为的原始追踪数据,包含19389个分割骨架信息,对应实验总时长899.388秒、帧率25.8398帧/秒、像素分辨率4.4944微米/像素
- 特征提取数据文件
- 文件名称:
bas-1 (ad446) on food R_2009_12_17__15_52_32___6___9_features.hdf5
- 文件格式:HDF5
- 字段映射介绍:包含线虫行为特征提取结果,由tierpsy软件(版本cbfc23eb4f1ac2f29be75ade7a937eed58a5b219)生成
- 标准化行为数据文件
- 文件名称:
bas-1 (ad446) on food R_2009_12_17__15_52_32___6___9.wcon.zip
- 文件格式:ZIP(含WCON格式文件)
- 字段映射介绍:压缩存储符合WCON标准的线虫行为数据,便于跨平台共享与分析
数据来源
C.elegans behavioural database(http://movement.openworm.org)
适用场景
- 线虫遗传学研究:分析bas-1基因突变对秀丽隐杆线虫行为表型的影响
- 行为学实验方法验证:基于E. Yemini等人的实验方法,验证线虫行为追踪技术的重复性与可靠性
- 神经生物学机制研究:通过行为特征数据探究单胺类神经递质相关基因(bas-1)的功能
- 模式生物行为数据库补充:为秀丽隐杆线虫行为数据库提供标准化的突变体行为数据支撑
- 计算机视觉在生物研究中的应用:验证tierpsy软件在线虫行为追踪与特征提取中的性能