数据集概述
本数据集包含单链核酸（如dTab19、dA19、dC19、dT19、rA19、rC19、rU19）的纳秒链动力学研究相关文件，涵盖片段库、HCG模型、距离分布数据及BioEn重加权Fortran代码，支持核酸分子动力学模拟与分析。
文件详解
- fragment_library.tar.gz
- 文件格式：GZ压缩包
- 内容说明：含用于生成dTab19、dA19、dC19、dT19的片段库，各文件夹包含pdb拓扑文件、无水分子的100 ns xtc轨迹文件、300 K下运行库的mdp文件，及无碱基位点片段的自定义力场参数
- HCG_models.tar.gz
- 文件格式：GZ压缩包
- 内容说明：含rA19、rC19、rU19、dTab19、dA19、dC19、dT19附FRET荧光团（Alexa 594、Alexa 488）的模型，每个模型提供pdb拓扑文件及10000帧xtc轨迹
- Distributions.xlsx
- 文件格式：XLSX
- 字段说明：A列=染料距离（单位nm），B列=精修权重
- BioEnMeanVarianceOneSigma.tgz
- 文件格式：TGZ压缩包
- 内容说明：含执行BioEn重加权的Fortran代码、输入输出文件、运行csh脚本及说明输入输出的README文件
适用场景
- 核酸分子动力学模拟: 利用片段库和HCG模型开展单链核酸纳秒级链动力学模拟研究
- FRET荧光团标记核酸结构分析: 通过模型文件研究荧光团标记对核酸构象的影响
- 动力学数据重加权分析: 使用BioEn代码对模拟数据进行重加权处理，优化动力学分析结果
- 染料距离分布统计: 基于Distributions.xlsx数据研究核酸链内染料距离分布特征与权重关系
