数据集概述
本数据集为支持论文“Xenacoelomorpha is the sister group to Nephrozoa”的系统发育研究数据,包含11个新的异涡动物类转录组及系统发育分析相关文件,用于解决异涡动物类在生命树中的位置争议,验证其作为肾管动物姐妹群的系统发育关系,涉及基因序列、数据集划分及分析方法等内容,共12个文件。
文件详解
- 文档说明文件(.txt)
- 文件名称:README_for_proteinortho.txt、README_for_hamstr_all_taxa.txt、README_for_hamstr_best_coverage_taxa.txt
- 文件格式:TXT
- 字段映射介绍:包含各分析方法(proteinortho、hamstr)的数据集说明、基因分区信息、引用信息及联系人等内容
- 数据集压缩包(.zip)
- 文件名称:taxon_pruning_datasets.zip、ribosomal_or_non_ribosomal_gene_datasets.zip、trespex_datasets.zip、supplementarymrbayesfiles.zip、matrix_occupancy_datasets.zip
- 文件格式:ZIP
- 字段映射介绍:包含分类群修剪数据集、核糖体/非核糖体基因数据集、trespex分析数据集、补充贝叶斯分析文件、矩阵占用率数据集等压缩文件
- 系统发育矩阵文件(.phy)
- 文件名称:proteinortho.phy、hamstr_best_coverage_taxa.phy、hamstr_all_taxa.phy、BMGE_trimming.phy
- 文件格式:PHY
- 字段映射介绍:包含基于proteinortho、hamstr(全分类群及最佳覆盖度分类群)分析的系统发育矩阵,以及经BMGE修剪后的矩阵文件
数据来源
论文“Xenacoelomorpha is the sister group to Nephrozoa”(Nature)
适用场景
- 动物系统发育研究:用于分析异涡动物类与肾管动物的亲缘关系,探究两侧对称动物的早期演化
- 分子进化分析:通过基因序列矩阵研究基因演化、序列饱和及长枝吸引等系统发育重建偏差问题
- 分类群位置验证:验证异涡动物类在生命树中的位置,区分其作为肾管动物姐妹群或后口动物内部类群的假说
- 早期动物特征演化研究:基于系统发育关系推断两侧对称动物共同祖先的形态特征及关键器官(排泄器官、体腔等)的演化时间