数据集概述
本数据集支持关于甲虫胚胎头部模式基因（otd1/2、six3）新功能化的研究，探究其在Onthophagus甲虫成虫头部角等新性状形成中的作用。包含转录组测序数据、RNA干扰效率数据、基因序列及引物、系统发育树文件和分析代码等14个文件，覆盖Onthophagus和Tribolium两种甲虫的基因表达与功能验证信息。
文件详解
- 基因表达数据文件（CSV格式，8个）
- 示例文件：osag_rnaseq_stages.csv、otau_rnaseq_tissues.csv、tcas_qPCR_stages.csv
- 字段映射：包含样本ID、基因表达量（如os-otd1、os-six3、tc-otd1）、发育阶段（stage）、性别（sex）、标准误（sem）等字段
- RNA干扰实验数据文件（CSV/XLSX格式，3个）
- 示例文件：otau_RNAi.csv、osag_RNAi.csv、RNAiknockdownefficiency_qPCR_rawdata.xlsx
- 内容：记录RNA干扰处理后的表型或基因敲低效率数据
- 基因序列与引物文件（GB格式，1个）
- 文件名称：Onthophagus six3 and otd genes and primers.gb
- 内容：包含目标基因序列及实验所用引物信息
- 系统发育树文件（NEX格式，2个）
- 文件名称：InsectSIXtree.nex、InsectOTDtree.nex
- 内容：昆虫six3和otd基因家族的系统发育关系树
- 分析代码文件（R格式，2个）
- 文件名称：RNAiAnalyses.R、Expression_plots.R
- 内容：用于数据处理与可视化的代码脚本
数据来源
论文“Neofunctionalization of embryonic head patterning genes facilitates the positioning of novel traits on the dorsal head of adult beetles”
适用场景
- 进化发育生物学研究：分析胚胎头部模式基因在新性状（甲虫角）形成中的功能分化
- 基因共选择机制探究：研究otd1/2基因从胚胎发育向成虫头部角发育的功能转变
- 昆虫基因表达模式分析：对比不同甲虫物种（Onthophagus、Tribolium）目标基因的表达差异
- 分子进化研究：利用系统发育树文件分析six3和otd基因家族的进化关系
- 功能基因组学实验验证：基于RNA干扰数据验证基因在性状发育中的作用
