数据集概述
本数据集为奥地利橡树（包括无梗花栎和夏栎）10个候选干旱响应基因的等位基因发现数据，基于454扩增子测序技术及生物信息学流程分析生成。包含336株橡树个体的基因多态性信息，涉及158个多态性位点、183个等位基因，以及杂合度、哈迪-温伯格平衡偏离等遗传特征数据，共18个文件。
文件详解
- 说明文档（README文件）
- 文件名称：遵循
README_for_NG-5357_OAK[编号]_sequence.txt模式（如README_for_NG-5357_OAK1_sequence.txt）
- 文件格式：TXT
- 字段映射介绍：包含下一代测序数据的实验背景说明，涉及橡树基因组DNA的PCR扩增、条形码标记、测序池构建及454焦磷酸测序流程等信息。
- 序列压缩文件（ZIP文件）
- 文件名称：遵循
NG-5357_OAK[编号]_sequence.zip模式（如NG-5357_OAK1_sequence.zip）
- 文件格式：ZIP
- 字段映射介绍：每个压缩包包含对应测序池的454扩增子序列数据，记录橡树干旱响应基因的原始测序读段信息。
- 辅助信息文件
- 文件名称：
OAK_454_barcodes.txt、OAK_454_primer.txt
- 文件格式：TXT
- 字段映射介绍：
OAK_454_primer.txt包含10个干旱诱导基因片段的引物序列（如ARF16、BMY7等基因对应的引物序列）；OAK_454_barcodes.txt包含用于识别个体序列的六核苷酸条形码信息。
数据来源
论文“Allele discovery of ten candidate drought-response genes in Austrian oak using a systematically informatics approach based on 454 amplicon sequencing”
适用场景
- 林木遗传育种研究：分析橡树干旱响应基因的等位基因多样性，为抗干旱橡树品种选育提供基因标记资源。
- 气候变化适应性研究：探究橡树干旱响应基因的自然选择机制，评估树种对未来气候变化的适应潜力。
- 分子生态学研究：利用基因多态性数据，分析橡树种群的遗传结构、基因流及适应性进化特征。
- 生物信息学方法验证：基于454测序数据的生物信息学流程，可用于验证扩增子测序数据分析方法的有效性。
- 林业管理决策支持：为森林生态系统应对干旱胁迫的管理策略制定提供遗传层面的数据支撑。
