数据集概述
本数据集为2019年发表的酿酒酵母氮饥饿解除相关研究的支撑数据，包含基因表达数据、聚类结果、GO富集分析及回归分析结果等，用于解析氮饥饿解除后糖酵解/脂质代谢基因的下调机制。
文件详解
- 说明文档：
- README.pdf、README.md：数据集说明文档，介绍文件内容与分析方法
- 基因表达数据：
- 2014Chloe.ExpressionNorm.ID.txt（TXT格式）：包含IdGene及T0/T15/T30/T45/T60等时间点的基因表达量数据
- 聚类分析结果：
- 如cluster.2.genes.tsv、cluster.5.genes.tsv等17个TSV文件：包含IdGene、GeneName、Cluster及各时间点表达数据
- 功能富集与差异分析：
- top-up-regulated-genes.go-term.tsv（TSV格式）：上调基因GO富集分析结果
- top-down-regulated-genes.tsv（TSV格式）：下调基因列表
- 可视化结果：
- 2014Chloe.ExpressionNorm.ID.manual-clusters.plot.pdf（PDF格式）：手动聚类可视化图
- 2014Chloe.ExpressionNorm.ID.glycolytic.plot.pdf（PDF格式）：糖酵解基因表达趋势图
- 分析代码与脚本：
- step_regression_manual_clustering.Rmd（Rmd格式）：含回归与聚类分析的R脚本
- step_regression_manual_clustering.html（HTML格式）：分析报告
- theme.R（R格式）：绘图主题配置文件
- 辅助文件：
- glycolytic_process_genes.ods（ODS格式）：糖酵解过程基因列表
数据来源
Tesnière et al. (2019) PLoS ONE 14(4): e0215870
适用场景
- 微生物分子生物学研究：分析酿酒酵母氮饥饿解除后的基因表达动态
- 代谢组学研究：探究糖酵解/脂质代谢通路基因的调控机制
- 生物信息学方法应用：验证回归分析、聚类分析在基因表达数据中的应用
- 发酵工程研究：为优化酿酒酵母发酵工艺提供基因层面的理论支持
