数据集概述
本数据集围绕埋葬甲虫(Nicrophorus orbicollis)亲代抚育行为与子代基因表达的温度响应展开,包含20°C(良性)和24°C(应激)条件下亲代(雌、雄)及子代在抚育前后的基因表达数据,旨在探究基因表达可塑性是否支撑亲代行为稳定性或子代独立补偿机制,共含63个文件。
文件详解
- 文档类文件(document_files)
- 文件名称:README.docx
- 文件格式:DOCX
- 字段映射介绍:数据集说明文档,包含研究背景、实验设计、数据采集与处理方法等核心信息
- 插入片段大小指标文件(.txt)
- 文件名称:遵循
JDSR_RNA_Seq_Libby_RNA_Pool_Schmitz-Libby_*_insert_size_metrics.txt模式(如JDSR_RNA_Seq_Libby_RNA_Pool_Schmitz-Libby_HE3-F_Head_I1032_L4_insert_size_metrics.txt)
- 文件格式:TXT
- 字段映射介绍:记录RNA测序样本的插入片段大小指标,包含样本ID、组织类型(Head/Larvae)、个体类型(雌、雄、幼虫)等信息
- 转录本计数矩阵文件(.csv)
- 文件名称:transcript_count_matrix.csv
- 文件格式:CSV
- 字段映射介绍:包含transcript_id(转录本ID)及各样本(如CC2-F、CC2-L等)的转录本表达计数数据
- 研究设计文件(.csv)
- 文件名称:studydesign.csv
- 文件格式:CSV
- 字段映射介绍:包含ID(样本ID)、Sample Name(样本名称)、Tissue(组织类型)、Family(家族)、Member(个体类型)、Temp(温度条件)、Social(社会条件)等实验设计元数据
- 特征长度文件(.csv)
- 文件名称:Feature_Lengths.csv
- 文件格式:CSV
- 字段映射介绍:记录转录本特征长度相关数据(具体字段未完全展示)
数据来源
论文“Gene expression underlying parenting and being parented shows limited plasticity in response to different ambient temperatures”
适用场景
- 昆虫行为生态学研究:分析埋葬甲虫亲代抚育行为的基因调控机制及温度对行为稳定性的影响
- 基因表达可塑性分析:探究20°C与24°C条件下亲代及子代基因表达的差异及可塑性特征
- 温度应激响应机制研究:识别亲代与子代在应激温度下的关键响应基因,解析补偿机制
- 转录组学数据分析方法验证:基于转录本计数矩阵与实验设计数据,开展差异表达基因筛选等分析流程验证
- 昆虫亲子互动分子机制研究:结合亲代抚育行为与基因表达数据,揭示亲子互动的分子基础