数据集概述
本数据集为牛背梁疫霉属新种(Phytopythium niubeiliangense sp. nov.)的系统发育分析数据,包含贝叶斯树、最大似然树构建过程中的模型选择结果、输入文件、日志及摘要文件,支持该新种分类地位的分子生物学验证。
文件详解
该数据集包含多个目录及文件,具体说明如下:
- 贝叶斯树分析文件(位于bayes_tree/目录):
- input.nex:多基因联配序列数据文件(NEXUS格式)
- PhyloSuite_MrBayes.log:MrBayes软件运行日志文件
- summary and citation.txt:贝叶斯树分析结果摘要与引用说明
- 贝叶斯树模型选择文件(位于bayes_tree_model selection/目录):
- best_scheme_and_models.csv:最优分区方案与进化模型表(CSV格式)
- log.txt:模型选择过程日志文件
- partition_finder.cfg:PartitionFinder软件配置文件
- 最大似然树分析文件(位于ML_tree/目录):
- RCL_5genes_rename.fas:五基因联合序列文件(FASTA格式)
- PhyloSuite_IQ-TREE.log:IQ-TREE软件运行日志文件
- summary and citation.txt:最大似然树分析结果摘要与引用说明
- 最大似然树模型选择文件(位于ML_tree_model selection/目录):
- best_scheme_and_models.csv:最优分区方案与进化模型表(CSV格式)
- RCL_5genes_rename.fas:五基因联合序列文件(FASTA格式)
适用场景
- 真菌分类学研究:验证牛背梁疫霉属新种的分类地位
- 系统发育分析:比较贝叶斯与最大似然法构建的系统发育树差异
- 进化模型选择:分析多基因序列的最优分区策略与替代模型
- 分子生物学教学:作为系统发育分析实验的案例数据