数据集概述
本数据集包含喜马拉雅鼠兔隐存谱系研究的相关数据，涉及遗传学、形态学和生态学分析。通过对锡金喜马拉雅地区鼠兔样本的采样、测量及基因数据分析，揭示了隐存谱系Ochotona sikimaria的存在，支持其从亚种提升至物种水平，数据涵盖基因序列、进化树、分歧时间表等，共10个文件。
文件详解
- 基因序列文件（.fasta格式）
- 文件名称：cytbND4rag1rag2_withThiND4.fasta、cytbND4rag1rag2_withThi_rag2.fasta、cytbND4rag1rag2_withThi_cytb.fasta、cytbND4rag1rag2_withThi_rag1.fasta
- 字段映射介绍：包含鼠兔样本的cytb、ND4、rag1、rag2等基因序列数据
- 进化树文件（.tre格式）
- 文件名称：divergenceTreecytb_nd4.tre
- 字段映射介绍：基于cytb和nd4基因构建的进化树数据
- 分歧时间表文件（.xls格式）
- 文件名称：divergecnce date table Final.xls
- 字段映射介绍：记录鼠兔谱系分歧时间的表格数据
- 系统发育分析文件（.xml格式）
- 文件名称：SpTreePartNewBeast.xml、divergence_cytb_nd4_4.xml
- 字段映射介绍：用于系统发育分析的参数设置和配置文件
- 系统发育数据文件（.nex、.reduced格式）
- 文件名称：cytbFig2a_moreOG.nex、cytbFig2a_moreOG.phy.reduced
- 字段映射介绍：系统发育分析相关的输入数据文件
数据来源
论文“Genetics, morphology and ecology reveal a cryptic pika lineage in the Sikkim Himalaya”
适用场景
- 生物分类学研究: 用于分析喜马拉雅鼠兔隐存谱系的分类地位及物种界定
- 进化生物学研究: 基于基因序列和进化树数据，探究鼠兔物种的进化关系和分歧时间
- 生物多样性保护: 为喜马拉雅地区鼠兔物种的多样性评估及保护策略制定提供数据支持
- 生态学研究: 结合形态学和生态学数据，分析鼠兔物种的生态适应性及分布特征
- 分子遗传学研究: 利用基因序列数据开展鼠兔种群遗传学及分子进化分析
