数据集概述
本数据集围绕安蒂科斯蒂岛(加拿大魁北克)引入的白尾鹿种群展开,包含该岛群与大陆源种群的遗传多样性、分化程度及表型差异的遗传基础数据。通过GBS技术生成8518个高质量SNP位点,分析种群遗传结构、适应性分化相关基因位点,支持种群遗传学与适应性进化研究。
文件详解
- CSV数据文件(2个)
- 文件名称:
LFMM_Condition_physique_validation_BDD_complete_437ind_MALE.csv、LFMM_Condition_physique_validation_BDD_complete_437ind_FEMELLE.csv
- 文件格式:CSV
- 字段映射介绍:包含个体ID(ID.Extac/ID)、年份(Year.ID)、性别(Sex.ID)、年龄(age、age2)、体重(weight)、体长(length_total)、尾长(length_tail、tail)、足长(foot)、胸围(thorax)、臀脂厚度(rumpfat10、rumpfat5、rumpfat510)、肌肉量(muscle)、鹿角相关性状(antler、point、mainbeam、dist_mainbeam、spike)等表型数据字段。
- 说明文档
- 文件名称:
READ_ME.docx
- 文件格式:DOCX
- 字段映射介绍:数据集说明文档,包含数据背景、采集方法、文件说明等内容。
- 基因型数据文件
- 文件名称:
batch_1.modif_m7_I5_C1000_l10_p70_a005_A005_H06_f04_F04_s6_one_snp_per_locus.vcf
- 文件格式:VCF
- 字段映射介绍:包含8518个过滤后的高质量SNP位点基因型数据,用于种群遗传结构与分化分析。
数据来源
论文“Absence of founder effect and evidence for adaptive divergence in a recently introduced insular population of white-tailed deer (Odocoileus virginianus)”
适用场景
- 种群遗传结构分析:用于研究白尾鹿岛群与大陆种群的遗传分化程度、种群连通性及遗传多样性维持机制。
- 适应性进化研究:通过SNP位点与表型数据关联分析,探究肌肉功能、脂质代谢等适应性性状的遗传基础。
- 野生动物管理:为白尾鹿种群资源评估、保护策略制定及狩猎管理提供遗传与表型数据支持。
- 表型-基因型关联分析:利用表型数据与SNP位点,开展数量性状基因座(QTL)定位及多基因适应性研究。