数据集概述
本数据集包含2个OME-Zarr格式压缩文件及1个工作流JSON文件，内容为3D人类诱导多能干细胞（hiPSCs）的成像数据，涵盖3个三维通道、细胞分割标注及定量测量结果，涉及2×2视场范围，支持干细胞生物学的三维成像分析。
文件详解
- 20200812-CardiomyocyteDifferentiation14-Cycle1.zarr.zip
- 文件格式：ZIP压缩包（含OME-Zarr数据）
- 内容说明：包含3个3D通道（DAPI核染色、nanog干细胞标记、Lamin B1核膜标记）、Cellpose生成的核分割标注，以及4类表格（全孔ROI表、4视场ROI表、核分割掩膜ROI表、napari-skimage-regionprops测量表）
- 20200812-CardiomyocyteDifferentiation14-Cycle1_mip.zarr.zip
- 文件格式：ZIP压缩包（含OME-Zarr数据）
- 内容说明：包含与上述相同的3个通道（最大强度投影格式）、Cellpose核分割标注及3类napari工作流生成的额外标注，共7类表格（含ROI表及napari-skimage-regionprops测量表）
- fractal-workflow.json
- 文件格式：JSON
- 内容说明：Fractal处理工作流配置文件，对应版本为fractal-server==2.3.6、fractal-client==2.0.1、fractal-web==1.4.0、fractal-tasks-core==1.2.1
数据来源
Zenodo（DOI: 10.5281/zenodo.7057076）
适用场景
- 干细胞三维成像分析: 利用3D通道数据和标注，研究hiPSCs的细胞结构与空间分布特征
- 细胞分割算法验证: 对比Cellpose与napari工作流生成的核分割标注准确性
- 干细胞标记物表达分析: 通过nanog、Lamin B1通道数据，研究干细胞干性相关标记物的表达模式
- 细胞定量测量研究: 基于napari-skimage-regionprops生成的测量表，开展细胞形态学定量分析
- 成像工作流复现: 利用JSON工作流文件，复现Fractal平台的3D细胞成像处理流程
