数据集概述
本数据集用于研究刚果民主共和国引入的尼罗罗非鱼(Oreochromis niloticus)种群基因组特征,包含213份尼罗罗非鱼样本(来自原生及引入区域)和48份其他罗非鱼物种样本的基因分型数据,通过RAD测序获得27611个SNP位点,可分析种群分化、遗传混杂及入侵后果。
文件详解
- 文件名称:README.docx
- 文件格式:DOCX
- 字段映射介绍:包含数据集研究背景、样本信息、实验方法、数据分析流程及结果说明等文档内容
- 文件名称:GATK_Filter_Paralogues_1SNP_Q30.recode.vcf
- 文件格式:VCF
- 字段映射介绍:经GATK过滤的单核苷酸多态性(SNP)数据文件,包含样本基因型、位点质量值(Q30)、过滤参数(排除 paralogues 及保留单一位点)等基因组数据
适用场景
- 入侵物种种群基因组分析: 研究刚果民主共和国尼罗罗非鱼的种群分化、遗传结构及引入来源
- 物种间遗传混杂检测: 分析尼罗罗非鱼与其他罗非鱼物种的杂交情况及遗传完整性影响
- 水产养殖入侵后果评估: 评估尼罗罗非鱼引入对原生罗非鱼适应性及生存能力的潜在威胁
- 基因组数据应用研究: 利用VCF格式的SNP数据开展群体遗传学、进化生物学等相关分析