数据集概述
本数据集为Giulia Semenzato等2024年论文的支撑数据，包含牛至内生微生物组组装驱动因素分析所用的原始及处理后数据，涉及碳源代谢、抗性/敏感性、交叉划线实验、MIC实验及表型芯片原始数据，共5个文件。
文件详解
- 碳源代谢处理数据文件
- 文件名称：phenome_combined_normalized_R.csv
- 文件格式：CSV
- 字段映射介绍：包含well_id（孔 ID）、chemical（化学物质）、category（类别）、moa（作用机制）、co_id（共培养 ID）及多个样本（如OHF1、OHF10等）的活性值（已扣除对照孔信号）
- 抗性/敏感性原始数据文件
- 文件名称：phenome_combined_nonNormalized_R.csv
- 文件格式：CSV
- 字段映射介绍：包含well_id、chemical、category、moa、co_id及多个样本的活性值（未扣除对照孔信号）
- 交叉划线实验原始数据文件
- 文件名称：Rawdata_cross_streaking.csv
- 文件格式：CSV
- 字段映射介绍：交叉划线实验获取的原始数据
- MIC实验原始数据文件
- 文件名称：Rawdata_MIC.csv
- 文件格式：CSV
- 字段映射介绍：最低抑菌浓度（MIC）实验获取的原始数据
- 表型芯片原始数据压缩包
- 文件名称：Raw_data_BIOLOG.zip
- 文件格式：ZIP
- 字段映射介绍：表型芯片读数的原始数据压缩文件
数据来源
论文“Role of metabolism, resistance, and/or antagonism as drivers of endomicrobiomes assemblage in Origanum heracleoticum L.”
适用场景
- 植物内生微生物组组装机制研究：分析代谢、抗性及拮抗作用对牛至内生微生物组结构的驱动效应
- 微生物碳源代谢特性分析：利用归一化活性值数据探究内生微生物对不同碳源的利用能力
- 微生物抗性表型研究：基于未归一化数据及MIC数据评估内生微生物的抗药性特征
- 微生物互作分析：通过交叉划线实验数据研究内生微生物间的拮抗或共生关系
- 表型组学数据挖掘：结合表型芯片原始数据开展微生物功能表型的深度分析
