数据集概述
本数据集围绕水稻种子愈伤组织诱导相关的遗传位点及候选基因OsCycB1;5展开，包含GWAS结果、SNP位点、表型数据、基因分型数据等多类型文件，支持水稻愈伤组织诱导性状的遗传机制研究与功能分析，共8个文件。
文件详解
- 表型数据文件
- 文件名称：cir10d.csv
- 文件格式：CSV
- 字段映射介绍：包含水稻种子愈伤组织诱导相关表型数据CIR10d，以及多个样本的表型数值
- SNP位点文件
- 文件名称：highlightsnps.txt
- 文件格式：TXT
- 字段映射介绍：记录与愈伤组织诱导相关的显著SNP位点，格式为位点标识（如qCIR1.3）及对应的染色体位置（如1_40488340）
- 基因型数据文件
- 文件名称：cir.all.vcf.gz、cir.all.vcf.gz.csi
- 文件格式：VCF.GZ、CSI
- 字段映射介绍：包含水稻样本的全基因组基因型数据及其索引文件，支持遗传位点定位分析
- 群体结构分析文件
- 文件名称：cir.admixtureQ.xlsx
- 文件格式：XLSX
- 字段映射介绍：记录水稻样本的群体结构分析结果，用于GWAS分析中的群体分层校正
- 统计分析代码文件
- 文件名称：FDR_P&P.R
- 文件格式：R
- 字段映射介绍：用于GWAS结果的假阳性率（FDR）校正及统计分析的R代码
- 压缩归档文件
- 文件名称：GAPIT.Association.GWAS_Results.MLM.CIR10d.7z、new.fdr.MLMresult.7z
- 文件格式：7Z
- 字段映射介绍：包含GWAS关联分析结果（MLM模型）及校正后的结果，为压缩归档文件
数据来源
论文“Identification of genetic loci and functional analysis of candidate gene, OsCycB1;5 associated with seed callus induction in rice (Oryza sativa L.)”
适用场景
- 水稻遗传位点定位研究: 利用GWAS结果和SNP位点数据，分析水稻种子愈伤组织诱导相关的遗传位点分布及效应
- 候选基因功能验证: 针对候选基因OsCycB1;5，结合基因型与表型数据，开展功能验证与分子机制研究
- 水稻遗传育种应用: 基于显著关联的SNP位点，开发分子标记用于水稻愈伤组织诱导能力的辅助选择育种
- 群体遗传结构分析: 通过群体结构数据，探究水稻群体遗传背景对愈伤组织诱导性状的影响
- 农业生物技术研究: 为水稻组织培养体系优化及遗传转化效率提升提供遗传基础数据支持
