数据集概述
本数据集为北美西部山吸口鱼（Pantosteus属，Catostomidae科）系统发育关系研究的配套数据，聚焦地质活动与基因渐渗对该属鱼类演化的影响。包含线粒体DNA序列数据、系统发育分析文件、校准元数据及说明文档，共4个文件，支持物种单系性验证、姐妹群关系推断及分化时间估算等研究。
文件详解
- 说明文档
- 文件名称：
README_for_pan.phylo.new.reordered.nonint.ml.txt
- 文件格式：TXT
- 字段映射介绍：记录线粒体DNA数据分区信息，包括nd1、nd2等11个蛋白编码基因的碱基对范围（共8055bp），以及基因密码子1、2、3的分区规则。
- 系统发育分析文件（2个）
- 文件名称：
pan.phylo.new.reordered.nonint.ml.nex、smith catostomin 15 feb 13.nex
- 文件格式：NEX
- 字段映射介绍：NEXUS格式的系统发育分析输入/输出文件，包含序列数据及分析参数，用于构建系统发育树。
- 校准元数据文件
- 文件名称：
pan.new.cal.otu.edited.xml
- 文件格式：XML
- 字段映射介绍：包含分类单元（OTU）的校准信息，用于系统发育分析中的分化时间估算。
数据来源
论文“Influence of introgression and geological processes on phylogenetic relationships of western North American mountain suckers (Pantosteus, Catostomidae)”
适用场景
- 淡水鱼类系统发育研究：验证Pantosteus属的单系性，推断姐妹群关系及物种分化时间。
- 基因渐渗分析：探究P. columbianus与C. tahoensis的线粒体基因渐渗机制。
- 地质与生物演化关联研究：分析北美西部地质活动对山吸口鱼种群隔离与混合的影响。
- 分子与形态数据整合：对比线粒体DNA数据与形态、古生物数据的冲突，解析物种分类争议。
