数据集概述
本数据集聚焦野生大山雀（Parus major）种群，通过多标记方法分析基因组遗传变异在数量性状中的分布。数据包含2497只个体的表型信息与5591个基因组标记数据，验证了动物育种相关方法在生态研究种群中的适用性，揭示了翅长性状的多基因遗传模式与性别染色体效应。
文件详解
- 表型数据文件
- 文件名称：2497_indiv_phenotype.txt
- 文件格式：TXT
- 字段映射介绍：包含ID（个体编号）、birthyear（出生年份）、sex（性别）、age（年龄）、day/month/year（测量日期）、site（采样地点）、wing（翅长表型值）字段
- 基因型标记文件
- 文件名称：2497_indiv_5591_markers.ped
- 文件格式：PED
- 字段映射介绍：PLINK格式基因型文件，包含Family ID（家系ID）、Individual ID（个体ID）、Paternal ID（父本ID）、Maternal ID（母本ID）、Sex（性别编码：1=雄性；2=雌性）、Phenotype（表型）及后续基因型数据
- 文件名称：2497_indiv_5591_markers.map
- 文件格式：MAP
- 字段映射介绍：标记位置文件，包含chromosome（染色体）、marker_name（标记名称）、marker_order（标记顺序）、genetic_distance_(cM)（遗传距离，单位cM）字段
- 说明文档
- 文件名称：README_for_2497_indiv_phenotype.txt、README_for_2497_indiv_5591_markers.txt
- 文件格式：TXT
- 内容介绍：分别对应表型数据与基因型标记数据的说明文档
- 模拟数据文件
- 文件名称：Simulated_data.zip
- 文件格式：ZIP
- 内容介绍：压缩格式的模拟数据文件
数据来源
论文“Partitioning of genetic variation across the genome using multimarker methods in a wild bird population”
适用场景
- 野生种群数量性状遗传结构研究: 分析大山雀翅长等复杂性状的遗传变异来源与多基因作用模式
- 基因组遗传变异分区方法验证: 测试动物育种相关多标记方法在自然种群中的适用性
- 性别染色体遗传效应分析: 探究性染色体在数量性状中的遗传贡献与剂量补偿机制
- 表型-基因型关联分析: 结合表型数据与基因组标记数据，研究野生鸟类复杂性状的分子基础
- 进化生态学研究: 解析自然种群中遗传变异的分布特征及其对环境适应的意义
