数据集概述
本数据集源自对牻牛儿苗科Pelargonium属60个物种质体基因组（plastome）的研究，通过PCR和测序方法分析所有质体重排热点区域，揭示出四种不同的质体基因组结构类型，涉及基因重排、微结构变化、重复DNA及核苷酸替代率等内容，为理解该属特殊质体基因组的进化路径提供数据支持。
文件详解
- Alignments_seqData.zip
- 文件格式：ZIP
- 字段映射介绍：包含研究中涉及的序列比对数据，支持质体基因组结构和基因序列的比较分析
- SSRs_&_repeats.zip
- 文件格式：ZIP
- 字段映射介绍：包含简单序列重复（SSRs）和重复DNA相关数据，用于分析质体基因组中的重复序列特征
- MGR_analysis.zip
- 文件格式：ZIP
- 字段映射介绍：包含基于MGR（Multiple Genome Rearrangements）方法的基因组重排分析数据，支持质体基因组重排历史的重建
数据来源
论文“Genus-wide screening reveals four distinct types of structural plastid genome organization in Pelargonium (Geraniaceae)”
适用场景
- 植物质体基因组结构进化研究: 分析Pelargonium属不同亚属质体基因组的重排历史与结构类型分化
- 重复序列与基因重排关联分析: 探究质体重排区域中微结构变化和重复DNA的分布特征
- 分子系统发育研究: 基于序列比对数据解析Pelargonium属物种的系统发育关系
- 质体基因功能进化分析: 研究该属质体accD基因非功能化等基因内容变化的进化机制
