数据集概述
本数据集来源于Phenoscape知识库应用研究，包含基因表型谱与分类单元进化表型谱数据，支持基因扰动与表型进化的关联分析。数据通过标准本体注释表型，可实现进化表型与模式生物遗传扰动表型的比较，包含语义相似性结果等文件，共6个文件。
文件详解
- README文档
- 文件名称：README_for_SemanticSimilarityResults.tsv.txt、README_for_profiles.ttl.txt、README_for_tbox-hierarchy-only.owl.txt
- 文件格式：TXT
- 字段映射介绍：分别对应语义相似性结果、表型谱数据、本体层次结构文件的说明文档，解释文件内容、格式及使用方法。
- 语义相似性结果文件
- 文件名称：SemanticSimilarityResults.tsv.gz
- 文件格式：TSV.GZ
- 字段映射介绍：压缩格式的语义相似性计算结果，包含基因表型与进化表型的匹配及统计显著性评估数据。
- 表型谱数据文件
- 文件名称：profiles.ttl.zip
- 文件格式：TTL.ZIP
- 字段映射介绍：压缩格式的Turtle语言文件，包含15,929个基因表型谱和659个分类单元进化表型谱，以三元组（主语、谓语、宾语）形式存储，宾语为EQ语句URI列表。
- 本体层次结构文件
- 文件名称：tbox-hierarchy-only.owl.zip
- 文件格式：OWL.ZIP
- 字段映射介绍：压缩格式的本体文件，包含表型注释所用的标准本体层次结构数据。
数据来源
论文“Using the Phenoscape Knowledgebase to relate genetic perturbations to phenotypic evolution”
适用场景
- 表型进化与基因关联研究: 分析物种间表型多样性与基因扰动的关系，挖掘进化表型背后的遗传机制。
- 模式生物与自然表型比较: 利用本体注释的标准化特性，实现模式生物遗传扰动表型与自然进化表型的语义相似性匹配。
- 生物信息学工具开发: 基于语义相似性计算框架，开发关联基因与表型进化的分析工具。
- 进化生物学数据整合: 作为Phenoscape知识库的补充数据，支持跨物种表型与遗传数据的整合分析。
