数据集概述
本数据集围绕水生群体无脊椎动物繁殖策略的进化转变展开，包含基因序列比对文件、系统发育树拓扑结构文件、祖先特征估计脚本及繁殖策略编码数据。通过多模型分析不同基因分区的系统发育关系，为研究该类群繁殖策略的进化提供支撑，共含17份文件。
文件详解
- 基因比对文件
- 文件名称：All_genes_alignment.nex
- 文件格式：NEX
- 字段映射介绍：包含13个线粒体蛋白编码基因（氨基酸序列）、线粒体核糖体RNA基因（12S+16S）及核核糖体RNA基因（18S+28S）的混合串联比对，标注基因边界与排除位点
- 系统发育树文件（共13个.nex文件）
- 文件名称：Fig_2.nex、Fig_S3.nex、Fig_S5-Fig_S13.nex等
- 文件格式：NEX
- 字段映射介绍：记录不同分析方法（贝叶斯、最大似然）、不同基因分区（混合串联、单一基因）、不同模型（GTR+G、MTZOA+G、NDCH-C2等）下的系统发育树拓扑结构，包含分析参数（世代数、 burn-in 世代数）
- 祖先特征估计相关文件
- 文件名称：ACE.R
- 文件格式：R
- 字段映射介绍：phytools中执行祖先特征估计的R脚本
- 文件名称：Reproductive_strategy_numbers.csv
- 文件格式：CSV
- 字段映射介绍：含Taxon（分类单元）、Brood types（繁殖类型编码）字段的ACE分析输入数据
- 文件名称：Reproductive_strategies.xlsx
- 文件格式：XLSX
- 字段映射介绍：各分类单元繁殖策略列表及对应数值编码，匹配Reproductive_strategy_numbers.csv
- 文件名称：Tree.tre
- 文件格式：TRE
- 字段映射介绍：ACE分析使用的输入树文件
适用场景
- 进化生物学研究：分析水生群体无脊椎动物繁殖策略的进化转变规律
- 系统发育模型比较：评估不同基因分区、不同进化模型对系统发育树拓扑结构的影响
- 祖先特征重建：利用ACE脚本与繁殖策略数据，推断该类群祖先繁殖策略特征
- 分子系统学分析：基于基因比对数据开展物种亲缘关系与分类地位研究
- 生物信息学方法验证：测试不同系统发育分析工具（MrBayes、RAxML、p4）的性能差异
