数据集概述
本数据集包含一个可直接加载的phyloseq R S4对象，以及配套的元数据表格，用于研究成年蛋鸡泄殖腔微生物群的时间动态变化。数据基于16S rRNA基因扩增子测序，通过DaDa2和phyloseq R包构建，涵盖室内和户外养殖条件下鸡群微生物群的纵向监测信息。
文件详解
- 文件名称：Metadata_Longitudinal_data_colUpdated.xlsx
- 文件格式：XLSX
- 字段映射介绍：包含纵向监测的样本元数据，可能涵盖鸡群编号、采样时间、养殖条件（室内/户外）、家禽舍信息等实验设计相关字段。
- 文件名称：Schreuder2020_TemporalDynamicsCloacalMicrobiota_phyloseq.rds
- 文件格式：RDS
- 字段映射介绍：phyloseq R S4对象，包含ASV表（扩增子序列变体计数）、分类学表（物种分类信息）和样本元数据，可直接用于R语言环境下的微生物组分析。
数据来源
论文“Temporal Dynamics of Cloacal Microbiota in Adult Laying Chickens Following a Change in Housing Environment”（DOI: 10.3389/fmicb.2020.626713）；原始MiSeq PE300测序数据存于NCBI-SRA，BioProject编号PRJNA673103。
适用场景
- 家禽肠道微生物时间动态研究：分析不同养殖条件下鸡泄殖腔微生物群的组成变化规律。
- 养殖环境对微生物组的影响评估：探究室内与户外养殖环境对鸡微生物群多样性和均匀度的作用。
- 微生物组数据标准化分析：基于phyloseq对象进行微生物群落组成、α/β多样性的统计分析。
- 家禽健康监测研究：结合微生物群动态与鸡群健康指标，探索肠道微生物与宿主健康的关联。
