数据集概述
本数据集为FoodMicrobionet v5.1.1版本的mindata文件压缩包,包含可通过NCBI登录号访问单个研究信息的R列表对象,每个对象集成研究信息、样本数据及分类学相关标识,支持微生物组数据分析。
文件详解
- 文件名称: mindata_FMBN.zip
- 文件格式: ZIP压缩包
- 内容结构: 压缩包内包含独立文件夹,分别存储细菌(基于SILVA数据库v138.1、v138.2)和真菌(基于UNITE数据库、SILVA SSU、LSU)数据;每个数据对象为R列表,包含字段:
- Study_accn: 研究登录号
- study_df: 研究信息数据框
- overlap: 重叠配对序列使用标识(逻辑值)
- pend: 配对序列使用标识(逻辑值)
- physeq: 含样本、分类群、OTU表及系统发育树(若有)的phyloseq对象
- rev_compl: 序列反向互补转换标识(用于分类学注释)
数据来源
Ministero dell'Università e della Ricerca PRIN 2022 PNRR、European Union Next-GenerationEU(PIANO NAZIONALE DI RIPRESA E RESILIENZA (PNRR))
适用场景
- 食品微生物组研究: 分析不同食品样本中的细菌、真菌群落结构
- 微生物分类学分析: 基于NCBI登录号关联研究数据,开展分类学注释与系统发育分析
- 生物信息学方法验证: 利用phyloseq对象测试微生物组数据分析流程
- 发酵食品资源挖掘: 结合资助项目背景,探究非传统酵母等微生物资源的应用价值