数据集概述
本数据集聚焦地中海盆地阿勒颇松长距离殖民过程中的选择推断研究,包含SSR基因型、SNP基因型及环境数据三类文件,用于区分自然选择与人口统计学对当前等位基因频率的影响,分析适应性相关SNP及基因漂变等混杂因素,揭示物种遗传结构与局部适应机制。
文件详解
- SSR基因型文件
- 文件名称:SSR_genotypes.xlsx
- 文件格式:XLSX
- 字段映射介绍:包含阿勒颇松样本的简单序列重复(SSR)分子标记基因型数据,用于评估物种长距离殖民历史与遗传结构。
- SNP基因型文件
- 文件名称:SNP_genotypes.xlsx
- 文件格式:XLSX
- 字段映射介绍:包含单核苷酸多态性(SNPs)基因型数据,用于通过环境关联法(Bayenv2)和FST相关法(PCAdapt)识别局部适应相关位点。
- 环境数据文件
- 文件名称:Environmental_Data.xlsx
- 文件格式:XLSX
- 字段映射介绍:包含与阿勒颇松适应相关的生物气候变量数据(如温度、降水、水分可用性等),用于开展环境关联分析。
数据来源
论文“Inferring selection in instances of long‐range colonization: the Aleppo pine (Pinus halepensis) in the Mediterranean Basin”
适用场景
- 植物适应性进化研究: 分析阿勒颇松在长距离殖民过程中对生物气候变量(如干旱)的适应机制及相关SNP位点。
- 遗传结构与殖民历史分析: 利用SSR和SNP基因型数据揭示地中海盆地阿勒颇松的复杂遗传结构及殖民历史。
- 选择与漂变效应区分: 通过模拟数据对比,评估等位基因冲浪效应导致的假阳性率,解析遗传漂变与自然选择的混杂影响。
- 生物气候变量关联分析: 结合环境数据与基因型数据,探究物种适应与气候因子的关系,支持气候变化下物种响应预测。