数据集概述
本数据集围绕恶性疟原虫var基因谱系地理研究展开，包含3680条高质量DBLα序列及相关分析文件，覆盖巴布亚新几内亚北部沿海两个流域10个村庄的68株疟原虫分离株。数据用于探究高流行区疟疾传播的精细模式，揭示var基因多样性及寄生虫种群的地理聚类特征，为疟疾消除工作提供本地传播模式的科学依据。
文件详解
- 基因存在缺失数据文件
- 文件名称：
Presence_absence data (Supplementary_data_S1).xlsx
- 文件格式：XLSX
- 字段映射介绍：包含恶性疟原虫分离株的var基因存在与缺失状态数据，为分析基因多样性提供基础信息
- 谱系树文件（TXT格式）
- 文件名称：
Tessema et al., Mugil var repertoire tree file.txt、Tessema et al., Wosera var repertoire tree file.txt、Tessema et al., Wosera and Mugil microsatellite tree file.txt、Tessema et al., Wosera and Mugil var repertoire tree fie.txt
- 文件格式：TXT（NEXUS格式）
- 字段映射介绍：记录疟原虫分离株的var基因谱系树及微卫星标记谱系树信息，包含分类单元（TAXA）、维度（DIMENSIONS）、分类标签（TAXLABELS）等NEXUS标准字段
- 贝叶斯分析二进制数据文件
- 文件名称：
Binary data for Bayesian analyses (Wosera).nex、Binary data for Bayesian analyses (Mugil).nex
- 文件格式：NEX
- 字段映射介绍：用于贝叶斯分析的二进制数据，支持寄生虫种群结构及地理聚类的统计建模
数据来源
论文“Phylogeography of var gene repertoires reveals fine-scale geospatial clustering of Plasmodium falciparum populations in a highly endemic area”
适用场景
- 疟疾传播模式研究：分析高流行区恶性疟原虫种群的地理聚类特征，揭示本地传播的精细空间模式
- 疟原虫基因多样性分析：基于var基因存在缺失数据及谱系树，探究不同流域（Mugil、Wosera）寄生虫的基因多样性水平
- 分子流行病学监测：利用var基因作为分子标记，评估疟疾消除工作中的本地传播动态
- 种群遗传学研究：结合微卫星标记与var基因数据，对比中性进化标记与快速进化基因的种群结构差异
- 公共卫生策略制定：为高流行区疟疾精准防控及消除策略提供本地寄生虫种群结构的科学依据
