数据集概述
该数据集为研究古生代Plectambonitoidea腕足类演化提供全面支持，包含形态矩阵、分类信息、化石记录数据、分析脚本及结果文件，覆盖分类修订、形态分析、多样性动态评估等研究环节，支撑类群多样性与形态差异的演化机制研究。
文件详解
该数据集按功能分为四类文件，具体说明如下：
- 核心数据文件（Dataset_前缀）：
- Characters list.doc: 描述各属的特征状态，文档格式
- Classification.csv: 属的科及亚科分类归属，CSV格式
- Detailed_revision_actions.xlsx: 数据修订操作表，Excel格式，修订后数据导出为Revised_data.csv
- GTS2020.Rdata: 研究使用的地质时间尺度，R数据格式
- Occurrences_of_all_brachiopods.csv: 评估Plectambonitoidea化石记录的原始PBDB数据，CSV格式
- Plecta_morpho_matrix.xlsx: Plectambonitoidea形态矩阵，Excel格式
- Revised_data_final.Rdata: 最终分析数据集，R数据格式
- Revised_dataset.csv: 从修订操作表提取的修订数据集（年龄未更新），CSV格式
- Strophomenida-12-09-2024.csv: Strophomenida目原始数据集，CSV格式
- 分析工具文件（PyRate_file_前缀）：
- Plectambonitoids.py: PyRate分析输入文件，Python格式
- Plectambonitoids.sh: 运行PyRate分析的bash脚本
- Combine_Plectam.sh: 合并日志文件生成速率的bash脚本
- O_D_qshifts.txt: 阶边界数据，PyRate分析输入文件
- 分析脚本文件（R_script_前缀）：
- 形态分析及结果绘图的R函数与脚本，如Morpho_analysis.R、Data_evaluation.R等
- 结果文件（Result_前缀）：
- Plectambonitoids_ltt.txt: 谱系时间估计数据，文本格式
- Plectambonitoids_se_est.txt: 属起源与灭绝时间估计数据，文本格式
- Plectambonitoids_rate.r: PyRate生成的多样化动态估计结果，R脚本格式
- 带图例的图件及补充图件，如Result_Fig. S1 PBDB evaluation.pdf等
适用场景
- 古生物演化研究：分析Plectambonitoidea腕足类的分类修订与系统发育关系
- 形态差异分析：基于形态矩阵探究类群形态多样性的演化模式
- 多样性动态评估：结合化石记录与PyRate分析揭示类群起源、灭绝及谱系分化速率
- 古生态研究：通过化石产地数据重建Plectambonitoidea的时空分布特征
- 方法学应用：验证古生物多样性分析中形态数据与化石记录整合的研究框架
