数据集概述
本数据集包含欧洲黑杨（Populus nigra）全基因组SNP发现及12k Infinium基因分型阵列开发的相关数据。通过对西欧51个个体的全基因组重测序，鉴定出1,878,727个SNP，并验证其准确性。筛选出覆盖QTL区域、候选基因及随机分布的10,000余个SNP构建阵列，对888个个体进行基因分型，成功率达91%。还包含连锁不平衡分析及ADMIXTURE分析结果，共6个文件。
文件详解
- 共识序列及说明文件
- 文件名称：Consensus_71077-308_version0915-MER.fa.zip、README_for_Consensus_71077-308_version0915-MER.fa.txt
- 文件格式：ZIP、TXT
- 字段映射介绍：ZIP包包含欧洲黑杨基因组共识序列文件；TXT文件为该共识序列的说明文档，解释序列的版本、来源及使用方法。
- 群体结构分析输入文件及说明
- 文件名称：Input files for ADMIXTURE and PCA.zip、README_for_Input files for ADMIXTURE and PCA.docx
- 文件格式：ZIP、DOCX
- 字段映射介绍：ZIP包包含用于ADMIXTURE和PCA分析的输入数据；DOCX文件为该输入数据的说明文档，说明数据的内容、格式及分析用途。
- SNP列表数据
- 文件名称：List of SNPs from HTsequencing data.xlsx
- 文件格式：XLSX
- 字段映射介绍：包含通过高通量测序鉴定出的SNP列表，可能涵盖SNP位置、染色体、等位基因等信息。
- 基因型数据
- 文件名称：P. nigra Genotype data.xlsx
- 文件格式：XLSX
- 字段映射介绍：包含888个欧洲黑杨个体的基因分型数据，记录每个个体在目标SNP位点的基因型信息。
数据来源
论文“New resources for genetic studies in Populus nigra: genome wide SNP discovery and development of a 12k Infinium array”
适用场景
- 植物遗传学研究：用于分析欧洲黑杨的遗传多样性、群体结构及连锁不平衡模式。
- SNP标记开发与验证：为欧洲黑杨相关研究提供经过验证的全基因组SNP标记资源。
- 基因分型阵列应用：支持利用12k Infinium阵列开展欧洲黑杨自然群体的关联分析，定位QTL。
- 群体遗传结构分析：通过ADMIXTURE和PCA输入文件，研究欧洲黑杨不同河流流域群体的遗传分化与地理分布关系。
- 功能基因研究：基于候选基因相关SNP数据，探究欧洲黑杨抗锈病、木材特性等性状的遗传基础。
