数据集概述
本数据集包含2019-2020年日本医院收集的382株耐碳青霉烯类铜绿假单胞菌的PubMLST等位基因谱、序列比对及Mash距离数据，用于日本全国耐碳青霉烯类铜绿假单胞菌基因组监测研究，共19个文件。
文件详解
- 序列比对文件（.fas格式，12个）
- 文件名称示例：mexR_CRPA382_nuc_einsi.fas、mexR_CRPA382_aa_einsi.fas、mexZ_CRPA382_aa_einsi.fas、oprD_CRPA382_aa_einsi.fas、ftsI_CRPA382_aa_einsi.fas、nalC_CRPA382_nuc_einsi.fas、ftsI_CRPA382_nuc_einsi.fas
- 文件格式：FAS
- 字段映射介绍：包含特定基因（如mexR、mexZ、oprD、ftsI、nalC）的核苷酸（nuc）或氨基酸（aa）序列比对数据
- Mash距离矩阵文件（.txt格式，6个）
- 文件名称示例：Mash_dist_mat_527CRPA_USA.txt、Mash_dist_mat_382CRPA_JP.txt、Mash_dist_mat_1354CRPA_Reyes_JARBS.txt、Mash_dist_mat_171CRPA_CHINA.txt
- 文件格式：TXT
- 字段映射介绍：包含菌株之间的Mash距离矩阵数据，记录不同来源（日本、美国、中国等）铜绿假单胞菌菌株的基因组相似性
- PubMLST等位基因谱文件（.xlsx格式，1个）
- 文件名称：PubMLST_alleles_CRPA382.xlsx
- 文件格式：XLSX
- 字段映射介绍：包含382株耐碳青霉烯类铜绿假单胞菌的PubMLST等位基因分型数据
数据来源
研究“Nationwide genome surveillance of carbapenem-resistant Pseudomonas aeruginosa in Japan”
适用场景
- 耐药菌基因组监测: 分析日本耐碳青霉烯类铜绿假单胞菌的基因特征及流行情况
- 基因序列比对分析: 研究特定耐药相关基因（如mexR、oprD）的变异情况
- 菌株亲缘关系研究: 利用Mash距离矩阵分析不同地区菌株的基因组相似性与进化关系
- 耐药机制研究: 结合PubMLST等位基因谱与序列数据探索耐药机制
- 跨地区耐药菌比较分析: 对比日本与其他国家（美国、中国等）耐碳青霉烯类铜绿假单胞菌的基因组差异
