数据集概述
本数据集围绕普通王蛇物种复合体(Lampropeltis getula)的谱系结构展开,包含基因组序列数据、环境变量数据及分析结果文件,用于研究北美地区气候、地理与历史对其遗传分化及谱系形成的影响。
文件详解
- 遗传数据文件:
- Lgetula_p123_v2_25miss.vcf、Lgetula_p123_v4_25miss.vcf等:VCF格式文件,包含不同版本的基因组变异数据
- Lgetula_p123_v2_25miss.ugeno、Lgetula_p123_v4_25miss.ugeno等:.ugeno格式遗传数据文件
- Lgetula_p123_v2_25miss.ustr、Lgetula_p123_v4_25miss.ustr等:.ustr格式结构分析数据文件
- 环境变量数据:
- all_coords_current_bioclim.csv:CSV格式,包含生物气候变量坐标数据
- all_coords_requested.csv:CSV格式,包含样本请求坐标数据
- all_coords_current_envirem.csv:CSV格式,包含环境变量坐标数据
- 分析结果与补充文件:
- Table_S1_SUPP_FSC_estimates_AIC.csv:CSV格式,FSC模型AIC估计结果表
- Supp_figs_Lgetula_Harrington_Burbrink.pdf:PDF格式,补充图表文件
- Appendix_1.xlsx:Excel格式,附录文件
- curMK3_MSFS.obs:观测数据文件,可能为MSFS分析结果
- Lgetula_p123_v2_25missFSCpops_k3.txt:TXT格式,FSC种群分组文件,包含样本ID与分组信息
- 说明文件:
- README.txt:TXT格式,数据集说明文档
适用场景
- 进化生物学研究:分析普通王蛇物种复合体的遗传分化与谱系形成机制
- 生物地理学研究:探究北美地区气候与地理对物种遗传结构的影响
- 种群遗传学分析:研究种群隔离、基因流及二次接触的动态过程
- 环境关联分析:验证干旱、降水等环境因子与遗传距离的相关性
- 谱系地理学教学:作为案例数据展示基因组学方法在物种分化研究中的应用