数据集概述
本数据集聚焦巴西东南部沿海与内陆相邻生物地理区域的蛙类群落组装,通过系统发育、功能性状和空间分析,探究分化速率、定殖时间及生态位保守性对群落结构的影响,包含29个文件,覆盖原始数据、分析脚本与结果文件。
文件详解
- 代码文件(.r):共10个,如
Script_1_-_PCA_Phylogenetic_Functional_analysis.R(PCA分析)、Script_8_-_BioGeoBEARS.R(生物地理分析)等,用于系统发育信号检验、模型选择及多维度多样性分析
- 数据文件(.csv):共9个,如
areas.csv(物种分布区域)、reproductive_modes_coastal.csv(沿海蛙类繁殖模式)等,记录物种分布、繁殖性状及功能多样性指标
- 文本文件(.txt):共3个,如
geo_frogs.txt(物种地理信息)、Concatenated_gene_sequence_12S_16S_COI_RAG.txt(基因序列)等,包含物种坐标、串联基因序列数据
- 无扩展名文件:共6个,如
tree_pyron_112_species(系统发育树)、tree_feng_backbone(系统发育骨架)等,存储不同规模的时间校准系统发育树
- 文档文件(.docx):1个
README.docx,提供数据集说明文档
适用场景
- 生物地理学研究:分析相邻区域(沿海/内陆)蛙类群落组装的进化与生物地理过程差异
- 系统发育多样性分析:利用时间校准树探究物种分化速率、定殖时间对群落结构的影响
- 功能性状研究:基于繁殖模式等功能性状,分析生态位保守性对群落功能组成的作用
- 多维度多样性关联分析:检验分类、系统发育与功能多样性的空间变异及其与环境因子的关系
- 生物信息学方法应用:验证系统发育信号检验、生物地理模型(如BioGeoBEARS)在两栖动物研究中的适用性