数据集概述
该数据集包含全球标准化空气真菌孢子采样的DNA数据及配套R分析脚本,聚焦真菌空间分布与季节动态规律,探究气候、系统发育等因素对真菌多样性及群落组成的影响,验证真菌是否遵循宏观生物多样性范式。
文件详解
该数据集包含数据文件与分析脚本两类核心文件,具体说明如下:
- 数据文件:
- allData.RData:原始数据文件,包含metadata、taxonomy、otu.table三个核心对象
- Spore_data_12Nov21.RDS:孢子大小数据文件
- Fung_LifeStyle_Data.RDS:真菌生活史数据文件
- funguild_db.rds:FunGuild数据库文件
- otu_guilds_aguilar-trigueros.tsv:基于Aguilar-Trugueros数据库的OTU功能 guild 分类结果
- otu_guilds_funguild.tsv:基于FunGuild数据库的OTU功能 guild 分类结果
- allData_clim.Rdata:整合气候数据后的数据集
- allData_clim_trait.Rdata:整合气候与性状数据后的数据集
- krona.html:Krona可视化结果文件
- R分析脚本(按分析流程分模块):
- S01模块(数据准备):包含S01.1至S01.5共五个脚本,实现气候数据下载、预处理、性状数据整合等功能
- S02模块(探索性分析):包含S02.1至S02.4共四个脚本,实现描述性统计、研究设计地图绘制、Venn图生成等功能
- S03模块(排序分析):S03.1脚本实现排序分析
- S04模块(单变量分析):包含S04.1至S04.6共六个脚本,实现单变量模型构建、结果可视化、时间周转分析等功能
- S05模块(Hmsc分析):包含S05.1至S05.5共五个脚本,实现Hmsc模型定义、拟合、结果后处理与可视化功能
数据来源
Ovaskainen et al. 全球孢子采样项目(Global Spore Sampling Project)
适用场景
- 真菌生态学研究:分析全球尺度真菌空间分布与季节动态规律
- 生物多样性研究:验证微生物是否遵循宏观生物多样性范式
- 气候变化响应研究:探究气候因素对真菌群落组成的影响
- 功能生态学研究:分析真菌功能 guild 与系统发育的关系
- 宏生态学模型验证:测试Hmsc等宏生态学模型在真菌研究中的适用性