数据集概述
本数据集包含Rhagoletis果蝇苹果和山楂寄主种群滞育适应性分化的基因组研究数据，涉及基因位点变异、等位基因频率、滞育相关性状分析及数据处理脚本等内容，用于解释适应性进化中多性状组合与拮抗选择导致的反直觉遗传模式，共含37个文件。
文件详解
- 基因组数据文件
- 文件名称：clinal.UG.GATK.all.good.filtered.vcf.gz、PJM123.UG.GATK.all.filtered.vcf.gz等.gz格式文件
- 文件格式：VCF.GZ
- 字段映射介绍：包含过滤后的单核苷酸多态性（SNP）位点信息，记录果蝇种群的基因变异数据
- 数据分析脚本
- 文件名称：Dia_ecl_clines.R、Diapause_traj.R、vcf_to_genos.R等.r格式文件
- 文件格式：R
- 字段映射介绍：用于滞育相关性状梯度分析、轨迹分析、VCF文件转基因型数据等数据分析流程的代码脚本
- 种群与样本信息文件
- 文件名称：clinal.pops.txt、complete_nonDiaIds.txt、HawAppleAllTrajectories_R.txt等.txt格式文件
- 文件格式：TXT
- 字段映射介绍：包含果蝇种群采样信息（如BrazosBend地区山楂种群样本）、非滞育个体ID、滞育轨迹数据等
- 辅助数据与脚本
- 文件名称：LatestRadFakeGenome.fa、RAD_Library_SamplesBarcodes.xlsx、MetRat_RAD_processing.sh等
- 文件格式：FA、XLSX、SH等
- 字段映射介绍：包含参考基因组序列、RAD测序文库样本条形码、RAD数据处理Shell脚本等辅助信息
数据来源
论文“Genomic evidence for correlated trait combinations and antagonistic selection contributing to counterintuitive genetic patterns of adaptive diapause divergence in Rhagoletis flies”
适用场景
- 适应性进化基因组学研究: 分析果蝇滞育分化过程中的基因位点变异与选择压力
- 滞育相关性状遗传机制研究: 探究滞育强度与终止时间等性状的遗传关联及拮抗选择作用
- 种群遗传学分析: 利用等位基因频率数据研究苹果与山楂寄主种群的遗传分化模式
- 进化生物学数据处理方法开发: 参考R脚本与Shell脚本优化适应性进化基因组数据的分析流程
