数据集概述
本数据集包含2017年日本奈良县高见川河流宏基因组样本的扩增子测序数据，涉及线粒体cox1、核组蛋白H3及18S rRNA基因的部分编码区序列，涵盖不同采样位点、环境类型的样本，以及分类单元（OTUs）和物种界定分析结果。
文件详解
- 实验信息文件：
- Table 1_Takamigawa amplicon sequencing.xlsx：Excel格式，包含样本信息、PCR引物序列、DNA序列数据登录号等
- 序列数据文件：
- Takamigawa-H3.fasta：FASTA格式，组蛋白H3基因扩增子序列的563个OTUs数据
- Takamigawa-18S.fasta：FASTA格式，18S rRNA基因扩增子序列的3001个OTUs数据
- 分析结果文件：
- H3_tree.pdf：PDF格式，组蛋白H3基因OTUs的系统发育树及GMYC物种界定分析结果
- 统计表格文件：
- Table 2_cox1.xlsx：Excel格式，cox1基因GMYC界定物种的序列读长频率统计
- Table 3_H3.xlsx：Excel格式，组蛋白H3基因GMYC界定物种的序列读长频率统计
- Table 4_18S.xlsx：Excel格式，18S rRNA基因OTUs的序列读长频率统计
适用场景
- 河流微生物群落研究：分析不同环境条件下河流微生物的群落组成与多样性
- 分子生态学研究：探讨河流生态系统中物种分布与环境因子的关联性
- 物种界定研究：基于GMYC方法开展河流生物的物种边界界定与分类学研究
- 环境监测应用：评估河流生态系统的健康状况与生物多样性水平
