数据集概述
本数据集围绕结直肠肿瘤不同区域的具核梭杆菌（F. nucleatum）和脆弱拟杆菌（B. fragilis）检测展开，包含42例筛查队列和20例（含31例补充患者）位点调查队列的qPCR检测数据，以及5例肿瘤腔面样本的16S测序数据，用于探究细菌的最优检测位点及与总细菌载量的相关性。
文件详解
- 文档文件
- 文件名称：RYE_2021__DATA_README_updated11jan2022.txt
- 文件格式：TXT
- 字段映射介绍：数据集说明文档，包含标题、作者信息等基本内容。
- 数据文件
- 文件名称：Rye_2021_a_Cohort_IDs.xlsx
- 文件格式：XLSX
- 字段映射介绍：队列ID信息表，记录筛查队列和位点调查队列的患者标识数据。
- 文件名称：Rye_2021_b_Screening_qPCR_data.xlsx
- 文件格式：XLSX
- 字段映射介绍：筛查队列qPCR数据表，包含42例FFPE肿瘤样本中两种细菌的相对丰度检测数据。
- 文件名称：Rye_2021_c_Site_inv_species_by_site_updated11jan2022.xlsx
- 文件格式：XLSX
- 字段映射介绍：位点调查队列细菌位点分布表，记录20例阳性样本及31例补充患者不同肿瘤区域的细菌检测数据。
- 文件名称：Rye_2021_d_Site_inv_qPCR_16S_data.xlsx
- 文件格式：XLSX
- 字段映射介绍：位点调查队列qPCR与16S数据整合表，包含总细菌载量（16S rRNA）及两种细菌的相对丰度数据。
- 文件名称：Rye_2021_e_Seq_data_absolute_abundance.xlsx
- 文件格式：XLSX
- 字段映射介绍：16S测序绝对丰度表，记录5例肿瘤腔面样本的细菌绝对丰度数据。
- 文件名称：Rye_2021_f_Seq_data_otu_table.xlsx
- 文件格式：XLSX
- 字段映射介绍：16S测序OTU表，包含5例样本的操作分类单元（OTU）丰度数据。
- 文件名称：Rye_2021_g_Seq_data_mg_blast.xlsx
- 文件格式：XLSX
- 字段映射介绍：16S测序BLAST比对表，记录测序数据中目标细菌的比对验证结果。
数据来源
St John of God Subiaco Hospital
适用场景
- 结直肠肿瘤微生物组研究: 分析具核梭杆菌和脆弱拟杆菌在肿瘤不同区域的分布特征及丰度差异。
- 细菌检测方法优化: 探究结直肠肿瘤中目标细菌的最优检测位点，提升临床检测效率。
- 细菌载量相关性分析: 研究目标细菌相对丰度与肿瘤腔面总细菌载量的关联机制。
- 分子诊断技术验证: 对比qPCR与16S测序两种方法在检测目标细菌上的一致性与准确性。
- 结直肠癌病因学研究: 为结直肠癌与特定肠道细菌的关联性研究提供数据支持。
