数据集概述
本数据集记录沙门氏菌海德堡变种（S. Heidelberg）在肉鸡垫料中的微进化实验结果，包含两株菌株（SH-2813、SH-116）经0、1、7、14天培养后的86株分离株全基因组测序相关数据，聚焦质粒携带情况、热点突变及抗生素敏感性变化，揭示家禽垫料对菌株适应性的选择作用。
文件详解
- 染色体变异数据文件
- 文件名称：Chromosomal_SNPs-InDels.zip
- 文件格式：ZIP
- 字段映射介绍：包含沙门氏菌海德堡变种菌株在染色体上的单核苷酸多态性（SNPs）和插入缺失（InDels）变异数据，涉及37个染色体热点突变位点及IncX1质粒上的3个位点信息。
- 变异识别脚本文件
- 文件名称：Command scripts used for SNPs:InDel identification.docx
- 文件格式：DOCX
- 字段映射介绍：记录用于识别沙门氏菌海德堡变种菌株SNPs和InDels的命令脚本，为变异分析方法提供参考。
数据来源
论文“Hotspot mutations and ColE1 plasmids contribute to the fitness of Salmonella Heidelberg in poultry litter”
适用场景
- 微生物适应性进化研究: 分析家禽垫料环境对沙门氏菌海德堡变种微进化路径的影响，探究质粒携带与菌株生存能力的关联。
- 耐药性机制研究: 基于菌株对妥布霉素、卡那霉素等抗生素敏感性下降的数据，研究质粒介导的耐药性形成机制。
- 质粒功能分析: 探索IncX1、ColE1等质粒拷贝数变化对沙门氏菌适应性的提升作用。
- 食品安全风险评估: 评估家禽养殖环境中沙门氏菌耐药菌株的进化风险，为养殖环节生物安全防控提供数据支持。
