数据集概述
本数据集为论文《Discovery and functional interrogation of SARS-CoV-2 RNA-host protein interactions》的补充表集合,包含7个文件,涉及ChIRP探针设计、CRISPR文库设计、病毒互作组质谱数据及CRISPR筛选z值等内容,支持病毒RNA与宿主蛋白相互作用的研究。
文件详解
该数据集包含7个补充表文件,具体说明如下:
- 文件名称:Table S1 - ChIRP Probes.xls,格式:.xls,内容:ChIRP实验所用探针信息
- 文件名称:Table S2 - SARS-CoV-2 ChIRP-MS.xlsx,格式:.xlsx,内容:SARS-CoV-2病毒ChIRP-MS实验数据
- 文件名称:Table S3 - Cross Virus ChIRP-MS.xls,格式:.xls,内容:跨病毒ChIRP-MS实验数据
- 文件名称:Table S4 - CRISPR pool designs.csv,格式:.csv,字段示例:gene(基因)、seq(序列)、source(来源)、rank(排名)、pool(文库池)、id(编号),内容:CRISPR文库设计信息
- 文件名称:Table S5 - Interactome CRISPR z-scores all viruses.csv,格式:.csv,字段示例:Gene(基因)、exp_rcVSV_z(rcVSV实验z值)、exp_sars2_z(SARS-CoV-2实验z值)等,内容:互作组CRISPR筛选各病毒z值数据
- 文件名称:Table S6 - Mito CRISPR z-scores all viruses.csv,格式:.csv,内容:线粒体相关CRISPR筛选各病毒z值数据
- 文件名称:Table S7 - Interactome Drug Targets.csv,格式:.csv,内容:互作组药物靶点信息
适用场景
- 病毒学研究:分析SARS-CoV-2 RNA与宿主蛋白的相互作用机制
- 药物研发:筛选针对病毒-宿主互作的潜在药物靶点
- 分子生物学实验设计:参考ChIRP探针、CRISPR文库的设计方案
- 跨病毒比较研究:探究不同病毒与宿主蛋白互作的共性与差异