数据集概述
该数据集为Seq2science手稿的补充数据,包含安装说明、多个重分析项目的配置文件、样本文件及质量控制报告,共15个文件,支持对Seq2science工具及相关实验分析的参考与复现。
文件详解
- 安装说明文件:
- installation.txt(TXT格式):记录Seq2science的安装步骤,包括通过Anaconda环境管理器安装的具体命令。
- 配置文件(YAML格式):
- zebrafish_alignment_config.yaml、acoel_rna_config.yaml、acoel_atac_config.yaml、zebrafish_atac_config.yaml:共4个,为各重分析项目的配置文件。
- 样本文件(TSV格式):
- acoel_rna_samples.tsv、acoel_atac_samples.tsv、zebrafish_atac_samples.tsv:共3个,包含样本信息,字段示例有sample、assembly、biological_replicates等。
- 质量控制报告(HTML格式):
- acoel_rna_QC.html、zebrafish_atac_QC.html、acoel_atac_QC.html、zebrafish_alignment_QC.html:共4个,为各实验的质量控制报告。
- 流程图表(PDF格式):
- DAG_rnaseq.pdf、DAG_genomic.pdf:共2个,展示实验流程的有向无环图。
适用场景
- 生物信息学工具使用:参考Seq2science的安装与配置方法,复现相关实验分析。
- 实验数据分析:基于样本文件和质量控制报告,分析斑马鱼、acoel等物种的测序数据。
- 生物信息学流程研究:通过流程图表和配置文件,研究测序数据分析的流程设计与优化。
- 学术研究参考:为相关领域的研究人员提供Seq2science手稿的补充数据支持。