数据集概述
本数据集基于γ-变形菌属Shewanella的全基因组序列，围绕基因树与物种树二分法展开研究。包含从243个共线基因同源区域中选取的单基因及核心基因组共线基因集，通过最大简约法（MP）和最大似然法（ML）进行系统发育分析，探索基因同源性与特征同源性的差异，为分子系统学研究提供案例支持。
文件详解
- 压缩文件（.zip）
- 文件名称：one gene per lcb.zip、lcb 175.zip、lcb 27.zip、lcb 156.zip
- 文件格式：ZIP
- 字段映射介绍：包含Shewanella基因组中243个共线基因同源区域的单基因数据，以及3组核心基因组共线基因集（分别含15、17、23个基因）的系统发育分析相关数据
- 文本文件（.txt）
- 文件名称：Dikow&Smith_trees.txt
- 文件格式：TXT
- 字段映射介绍：记录最大简约法（MP）分析中单基因串联后的系统发育树拓扑结构，包含A_hydrophila、Al_macleodii、C_psychrerythraea等物种的分支关系信息
数据来源
论文“Complete genome sequences provide a case study for the evaluation of gene-tree thinking”
适用场景
- 基因组系统发育分析: 用于研究Shewanella属基因树与物种树的二分关系，评估基因作为系统发育单元的可靠性
- 基因同源性研究: 分析共线基因区域的同源性特征，区分基因同源性与特征同源性的差异
- 系统发育拓扑结构分析: 基于MP和ML方法产生的独特拓扑结构，探索基因树不一致性的机制
- 分子系统学方法验证: 为分子系统学中基因单元的应用提供案例参考，支持方法优化与改进
