数据集概述
本数据集为“利用高通量表型分析表征水生消费者种内资源利用”研究的补充数据,包含两项实验的原始数据:第一项为16个轮虫克隆在6种食物浓度下的数值响应实验数据,第二项为98个轮虫克隆在2种食物浓度下的生长速率测量数据,为水生消费者资源利用的种内差异研究提供基础数据支持。
文件详解
该数据集包含两个压缩文件,具体说明如下:
- 压缩文件1: first_experiment.zip
- 目录结构及内容:
- input/ 目录:包含Wellcounter软件输出的原始计数数据,包括每日种群计数文件(popgrowth__results.csv)、六孔板处理信息文件(popgrowth_20230822_treatments.csv)、视频自动记录信息文件(video_info.csv)
- output/ 目录:R脚本first_experiment_analysis.Rmd生成的输出文件
- wellcounter/ 目录:包含在高性能计算集群上运行原始分析所用的Wellcounter软件(程序及配置文件)
- 分析脚本:first_experiment_analysis.Rmd(R-Markdown格式,含数据处理与统计分析代码)、numerical_response_2par.R(分析所需函数文件)
- 压缩文件2: second_experiment.zip
- 目录结构及内容:
- input/ 目录:包含Wellcounter软件输出的原始计数与行为数据,包括每日种群数据文件(popgrowth__results.csv)、六孔板处理信息文件(popgrowth__treatments.csv)、视频自动记录信息文件(video_info.csv)
- output/ 目录:R脚本second_experiment_analysis.Rmd生成的输出文件
- wellcounter/ 目录:包含在高性能计算集群上运行原始分析所用的Wellcounter软件(程序及配置文件)
- 分析脚本:second_experiment_prep_run1.Rmd(run1数据预处理脚本)、second_experiment_prep_run2.Rmd(run2数据预处理脚本)、second_experiment_analysis.Rmd(数据处理与统计分析脚本)、extract_fixed_effects_table.R(分析所需函数文件)
适用场景
- 水生生态学研究:分析轮虫种内资源利用策略的差异及影响因素
- 表型组学研究:探究高通量表型技术在水生消费者行为与生长表型分析中的应用
- 种群动态建模:基于数值响应实验数据构建轮虫种群增长模型
- 环境适应性研究:评估食物浓度对不同轮虫克隆生长速率的影响机制