数据集概述
本数据集记录了苜蓿中华根瘤菌（Sinorhizobium meliloti）在感知苜蓿宿主植物信号后，不同菌株与宿主基因型组合下的初始转录响应。包含基因表达差异分析、功能注释、菌株基因比较及代谢物检测结果，共五个文件，用于研究植物-根瘤菌共生表型变异的遗传决定因素。
文件详解
- Roary_output_(Suppl_Table_S7)_-_Dryad.csv
- 文件格式：CSV
- 字段映射：包含Gene（基因分组）、Sinorhizobium_meliloti_Rm1021（菌株Rm1021基因）、Sinorhizobium_meliloti_AK83（菌株AK83基因）、Sinorhizobium_meliloti_BL225C（菌株BL225C基因）等字段，记录不同根瘤菌菌株的基因对应关系。
- Significant_DEGs_(Suppl_Table_S4)_-_Dryad.csv
- 文件格式：CSV
- 字段映射：包含strain（菌株）、coef（比较条件）、id（基因ID）、replicon（复制子）、category（基因类别）、baseMean（平均表达量）、log2FoldChange（表达倍数变化）、lfcSE（标准误）、pvalue（P值）、padj（校正后P值）等字段，记录显著差异表达基因的统计信息。
- Interactive_Heatmpas_of_DEGs_(Suppl_S1).rar
- 文件格式：RAR（压缩包）
- 内容说明：包含差异表达基因的交互式热图文件，用于可视化基因表达模式。
- DEG_Functional_analysis_summary_(SupplFile_S2)_-_Dryad.xlsx
- 文件格式：XLSX
- 内容说明：差异表达基因的功能分析总结表，包含基因功能注释、通路富集等结果。
- LC-MS_peaks_(Suppl_Table_S1_)_-_Dryad.xlsx
- 文件格式：XLSX
- 内容说明：液相色谱-质谱（LC-MS）检测到的代谢物峰数据，记录共生过程中的代谢物信息。
数据来源
Dryad（数据存储平台）
适用场景
- 植物-微生物共生机制研究：分析根瘤菌在宿主信号诱导下的转录组变化，揭示共生起始的分子机制。
- 微生物遗传学分析：比较不同根瘤菌菌株的基因组成与表达差异，探究菌株基因型对共生的影响。
- 转录组功能注释：通过差异表达基因的功能富集分析，识别共生相关的关键代谢通路与基因家族。
- 共生表型变异研究：结合菌株与宿主基因型互作数据，解析植物-根瘤菌共生表型变异的遗传决定因素。
- 代谢组关联分析：关联基因表达数据与LC-MS代谢物检测结果，研究共生过程中的分子调控网络。
