数据集概述
本数据集包含验证空间异构体转录组学（SiT）所需的原位测序（ISS）原始数据及分析用R脚本。数据由CARTANA ISS服务生成，涉及基因表达异构体的空间坐标、基因信息及可视化图像，同时提供SiT分析的代码资源，用于支持组织切片中基因表达异构体空间分布的研究。
文件详解
- Reads.zip
- 文件格式：ZIP
- 字段映射介绍：包含分段斑点的坐标（像素单位，缩放因子0.32 um/像素，原点为左上角）和基因信息；含LowThreshold（已过滤无匹配条码读数）和HighThreshold（通过额外质量检查的斑点）两类文件，区分质量阈值策略
- GenePlots.zip
- 文件格式：ZIP
- 字段映射介绍：包含静态PNG格式的全缩放图像，LowThreshold和HighThreshold分类与Reads文件一致
- SiT-master.zip
- 文件格式：ZIP
- 字段映射介绍：GitHub仓库（https://github.com/ucagenomix/SiT）的下载包，提供SiT分析的图表和R脚本
数据来源
CARTANA ISS服务、GitHub仓库https://github.com/ucagenomix/SiT、GEO数据库（登录号GSE153859）
适用场景
- 空间转录组学方法验证：用于验证空间异构体转录组学（SiT）技术在组织切片中检测基因表达异构体的准确性
- 基因表达空间分布研究：分析组织中基因表达异构体的空间定位及分布特征
- 生物信息学分析流程构建：利用SiT-master.zip中的R脚本复现或优化空间基因表达数据的分析流程
- 原位测序数据质量评估：通过Low/HighThreshold文件对比，研究质量阈值对ISS数据结果的影响
- 基因表达可视化研究：基于GenePlots中的PNG图像，探索基因表达空间分布的可视化方法
