数据集概述
本数据集围绕北方纬度大豆种植的环境适应型根瘤菌研究，包含33个文件，涉及生物DNA、基因分析、统计模型构建、实验样本数据等内容，主要用于通过公民科学方法快速培育适应环境的大豆根瘤菌，涵盖数据文件、分析脚本及模型文档。
文件详解
- 数据文件
- 文件名称：230217_PLFA_Soygarden_metadata.xlsx、PSC_data.txt、nodule_presence_model_data.txt、modelData_sample_order.txt、NLPO_pairs.txt、PLFA_SOYGARDEN.txt
- 文件格式：XLSX、TXT
- 字段映射介绍：包含土壤理化参数（钾、磷、钠等元素，电导率、TOC、pH值）、样本元数据、根瘤存在模型数据、样本顺序数据、配对数据、PLFA数据等
- 分析脚本文件
- 文件名称：script_to_cluster_4.R、ITS_filter_trim_withEndTrim.R、RF_nestedLPO.R、RF_tuning.R
- 文件格式：R
- 内容介绍：用于数据聚类、ITS引物去除、随机森林模型构建与调优的R语言脚本
- 模型文档文件
- 文件名称：pls_final_model.Rmd、elasticnet_final_model.Rmd、DADA2_ITS_primer_removal.Rmd、Alpha-BetaDiversity.Rmd、elasticnet_NLPO_AUC_ci.Rmd
- 文件格式：Rmd
- 内容介绍：包含PLS模型、弹性网络模型、DADA2 ITS分析、Alpha-Beta多样性分析、AUC置信区间分析的R Markdown文档
适用场景
- 大豆根瘤菌环境适应性研究: 分析根瘤菌在北方纬度环境下的适应特性，为培育适配根瘤菌提供数据支持
- 土壤-微生物互作分析: 结合土壤理化数据与根瘤菌数据，研究土壤环境对根瘤菌的影响
- 生物统计模型构建: 利用R脚本和Rmd文档中的模型，开展根瘤菌相关的统计建模与分析
- 公民科学项目实践: 探索公民科学方法在农业微生物研究中的应用，优化实验设计与数据收集流程
- 微生物多样性分析: 通过ITS数据和Alpha-Beta多样性分析，研究根瘤菌及相关微生物的多样性特征
