数据集概述
本数据集包含鼢鼠科（Spalacidae）啮齿动物的转录组测序及系统发育分析数据，涵盖高原鼢鼠、银星竹鼠的从头转录组组装结果，以及中东盲鼹鼠的公开转录组数据整合分析。数据用于解析鼢鼠亚科、盲鼹鼠亚科、竹鼠亚科的系统发育关系，提供5116个核基因同源序列及13个线粒体蛋白编码基因的系统发育树与比对文件，为地下啮齿动物比较基因组学研究提供资源。
文件详解
- 文件名称：README_for_tree_and_alignment.txt
- 文件格式：TXT
- 字段映射介绍：包含数据集的说明文档，记录系统发育树的构建方法与来源，涉及13个线粒体基因及5116个核基因的贝叶斯（BI）树、最大似然（ML）树的分析工具（MrBayes 3.1.2、Phyml 3.1）等信息。
- 文件名称：tree_and_alignment.zip
- 文件格式：ZIP
- 字段映射介绍：压缩包内包含系统发育分析的核心数据，包括13个线粒体蛋白编码基因及5116个核基因的贝叶斯树、最大似然树文件，以及对应的序列比对文件，支持系统发育关系的验证与二次分析。
数据来源
论文“Transcriptome sequencing and phylogenomic resolution within Spalacidae (Rodentia)”
适用场景
- 啮齿动物系统发育研究：解析Spalacidae科三个亚科的亲缘关系，验证分子数据对形态趋同性状的校正作用。
- 地下哺乳动物比较基因组学：利用转录组数据挖掘地下适应性相关基因，分析特化性状的分子进化机制。
- 转录组组装方法评估：对比高原鼢鼠与银星竹鼠的转录组组装质量，优化地下啮齿动物转录组分析流程。
- 系统发育树构建工具验证：基于线粒体与核基因数据集，比较贝叶斯与最大似然方法的树拓扑一致性。
