数据集概述
本数据集为论文“Reassessment of French breeding bird population sizes using citizen science and accounting for species detectability”的补充信息，包含用于重现研究结果的R脚本、鸟类观测数据、系统发育树、保护状态、种群趋势及2012年种群估计等文件，支持基于分层距离抽样（HDS）和系统发育广义混合模型（PGLMM）的分析。
文件详解
- 数据文件
- BirdPhylo_Burleigh_et_al.tre：系统发育树文件，用于PGLMM模型的随机效应
- Conservation_status.txt：法国及欧洲鸟类保护状态文件
- FBBS_trends_20122023.txt：2012-2023年法国繁殖鸟类调查趋势数据
- PrepData_HDS.RData：HDS校准所需的R数据环境，含观测数据、物种对照表、预测网格等
- ReadOutput_HDSfreq_comparison.csv：2021-2023年种群数量估计对比数据
- ReadOutput_HDSfreq_comparison_20212022.csv：2021-2022年种群数量估计对比数据（稳健性分析用）
- ReadOutput_HDSfreq_EstimMetropole.csv：法国本土种群数量估计数据
- TABLE_SpeciesFilters_and_2012Estimates.txt：物种筛选条件及2012年种群估计数据
- sessionInfo_script_XX：R会话信息文件
- 代码文件
- 01_HDSfreq_Calibration.R：HDS模型校准脚本
- 02_pglmm_figures.R：PGLMM校准及图表生成脚本
- 03_results_tables.R：补充表格生成脚本
- HDS_functions.R：HDS模型辅助函数脚本
- dsmextra_modif_function.R：dsmextra包函数调整脚本
- misc_unmarked.R：unmarked包函数调整脚本
数据来源
论文“Reassessment of French breeding bird population sizes using citizen science and accounting for species detectability”
适用场景
- 鸟类种群数量评估: 基于HDS方法估计法国繁殖鸟类种群数量
- 公民科学数据应用: 验证公民科学数据在鸟类种群监测中的有效性
- 系统发育分析: 利用PGLMM模型分析种群数量估计的系统发育效应
- 保护状态评估: 结合保护状态数据评估鸟类种群的保护优先级
- 生态趋势研究: 分析2012-2023年法国繁殖鸟类种群趋势变化
- 模型重现性验证: 复现论文中的种群数量估计及统计分析结果
