数据集概述
本数据集为论文《成对细胞因子代码解释败血症的全身反应》的配套数据，包含95个文件，涵盖败血症状态下不同组织、细胞类型的细胞因子反应数据，涉及基因表达、细胞计数、统计分析结果等内容，支持败血症免疫反应机制的研究与验证。
文件详解
- 基因表达数据文件（.gct格式，52个）
- 示例文件：Fig2B_logfc_all_CLP_d0_5_severe_8tissues.gct、Fig2A_pval_all_CLP_d0_25_severe_8tissues.gct
- 内容说明：记录不同处理条件下（如CLP、LPS）各组织的基因表达变化倍数（logfc）、显著性（pval）等数据
- 统计分析结果文件（.csv格式，29个）
- 示例文件：FigS4B_interaction_percentage.csv、Fig4H_BloodChemistry_LPS_CytoCombo.csv
- 内容说明：包含细胞因子对的相互作用类型及占比、血液生化指标、细胞计数等统计数据，字段如pairs（细胞因子对）、organ（器官）、treatment（处理）、Ter119cells（细胞数量）
- 表格数据文件（.xlsx格式，11个）
- 示例文件：Fig2A_roworder_LPS_CLP_d025_kmeans.xlsx、Fig1B_heatmap_roworder_LPS_timecourse_FDR0-01_LFCthreshold1.xlsx
- 内容说明：存储聚类分析结果、热图排序信息、数据重叠分析结果等表格化数据
- 代码文件（.r格式，2个）
- 示例文件：Fig1D_lps_data.R、Takahama_etal_Sepsis_CytokineStorm_Paper_Zenodo.R
- 内容说明：用于数据处理、分析的R语言脚本
- 文本数据文件（.txt格式，1个）
- 示例文件：Fig5_modified_ct_lfc_scaled_mean_norm_allctgenes_LPS_3C_KO_dot.txt
- 内容说明：记录不同条件下细胞类型的基因表达标准化值，字段如Condition（条件）、CellType（细胞类型）、value（数值）、tissue（组织）
数据来源
论文“A pairwise cytokine code explains the organism-wide response to sepsis”（Nat Immunol 25, 226–239 (2024)）
适用场景
- 败血症免疫机制研究：分析细胞因子对在不同组织、细胞类型中的相互作用模式，探究败血症全身反应的调控机制
- 基因表达分析：基于.gct文件研究败血症状态下关键基因的表达变化规律
- 细胞因子治疗策略评估：通过细胞因子组合的相互作用数据，评估潜在治疗方案的效果
- 生物信息学方法验证：利用配套R代码复现论文中的数据分析流程，验证相关生物信息学方法的有效性
- 医学数据挖掘：整合多类型数据挖掘败血症诊断、预后相关的生物标志物
