数据集概述
本数据集为非模式树种欧洲红豆杉（Taxus baccata L.）的多尺度适应性选择检测数据，整合表型与基因组信息，包含表型实验数据及基因组SNP数据，用于探究其局部适应分子基础及选择驱动因素，支持非模式物种适应性研究。
文件详解
- 基因组数据文件
- 文件名称：taxus_filtered_HWE3.vcf
- 文件格式：VCF
- 字段映射介绍：包含约1200个基因的25000余个SNP位点信息，用于推断种群 demographic 历史及检测分子选择信号（SNP、基因及通路水平）
- 表型数据文件
- 文件名称：Taxus Shoot Elongation.xlsx
- 文件格式：XLSX
- 字段映射介绍：欧洲红豆杉种群在公共环境下的枝条伸长表型数据，关联气候梯度分析局部适应性
- 文件名称：Taxus Shoot Growth Data.xlsx
- 文件格式：XLSX
- 字段映射介绍：欧洲红豆杉种群枝条生长数据，反映公共环境下的生长差异
- 文件名称：Taxus Male Strobili.xlsx
- 文件格式：XLSX
- 字段映射介绍：欧洲红豆杉雄球花成熟物候数据，用于分析物候模式与气候的关联
- 样本对应文件
- 文件名称：Correspondence_plates_samples.xlsx
- 文件格式：XLSX
- 字段映射介绍：实验样本与培养板的对应关系数据，用于样本溯源与数据整合
数据来源
论文“A multiscale approach to detect selection in non-model tree species: widespread adaptation despite population decline in Taxus baccata L.”
适用场景
- 非模式树种适应性研究：整合表型与基因组数据，分析欧洲红豆杉局部适应的分子基础
- 气候变化响应分析：通过物候及生长数据，探究长寿命树种对气候梯度的适应机制
- 种群遗传学研究：利用SNP数据推断欧洲红豆杉种群 demographic 历史及选择信号
- 分子选择检测：在SNP、基因及通路水平检测适应性选择，识别候选基因（如PRR7）及通路（如类黄酮生物合成通路）
- 多尺度研究方法验证：验证非模式物种中整合表型与基因组信息的适应性检测方法
