数据集概述
本数据集记录了针对Temnothorax rugatulus蚁后的繁殖力调控实验，通过卵移除和饮食限制两种操作改变蚁后繁殖力，分析脂肪体基因表达变化。包含基因表达、生存数据、卵巢状态、实验流程等16个文件，覆盖繁殖与寿命关联的分子调控机制研究内容。
文件详解
- 基因表达与功能注释文件
- 文件名称：Supplement_Food_uniprot.xlsx、DEGs_Dietary_Restrictions_Egg_Removal.xlsx
- 文件格式：XLSX
- 字段映射介绍：包含差异表达基因（DEGs）列表、UniProt注释信息，关联繁殖力（如卵子发生）和身体维持相关基因功能
- 实验样本与生存数据文件
- 文件名称：survival_egg_rem.csv、Surv_Foodrest.csv、Ovary_egg_rem.csv、Egg_Foodrest.csv
- 文件格式：CSV
- 字段映射介绍：包含蚁后群体ID（ColID）、处理组（Treat）、形态（Morph）、时间（Week/time）、死亡状态（Dead/Death）、卵巢状态等实验观测数据
- 实验设计与流程文件
- 文件名称：Table_S1_Colony_composition.xlsx、Workflow.txt、READ_ME.txt
- 文件格式：XLSX、TXT
- 字段映射介绍：包含蚁后群体组成信息、实验流程（如Trimmomatic序列修剪步骤）、数据集说明文档
- 分析代码文件
- 文件名称：maintenance-test.R、Food-rest.R、Egg_removal.R、DGE_food_rest_egg_rem.R
- 文件格式：R
- 字段映射介绍：包含基因差异表达分析、生存数据分析等实验数据处理代码
- 其他文件
- 文件名称：Workflow__with_path、sampleFile.txt.csv
- 文件格式：无扩展名、CSV
- 字段映射介绍：包含实验流程路径信息、样本数据文件
数据来源
论文“Experimental increase in fecundity causes upregulation of fecundity and body maintenance genes in the fat body of ant queens”
适用场景
- 社会昆虫繁殖力与寿命关联机制研究：分析蚁后繁殖力变化对寿命相关基因表达的影响
- 分子生物学实验数据验证：利用差异表达基因数据验证繁殖与身体维持基因的共激活机制
- 昆虫营养调控研究：探究饮食限制对蚁后繁殖力、基因表达及生存状态的影响
- 实验流程复现：通过R代码和Workflow文件复现基因表达差异分析、生存数据分析等实验步骤
- 社会昆虫群体动态研究：利用群体组成数据和生存数据，分析蚁后群体结构与繁殖力的关系
