数据集概述
本数据集包含THP-1巨噬细胞在促炎和抗炎暴露下的多组学数据，涵盖基因表达和甲基化水平分析结果。巨噬细胞经PMA预处理后，分别接受LPS+IFNγ（促炎）或IL-13+IL-4（抗炎）处理，时间点为24、48、72小时。数据通过RNA测序和甲基化芯片技术生成，并经标准化分析，为研究巨噬细胞炎症反应的分子机制提供支持。
文件详解
- transcriptomics data.zip
- 文件格式：ZIP
- 内容说明：包含THP-1巨噬细胞基因表达水平数据，由RNA测序生成，经DeSeq2（版本1.24.0）分析得到原始计数数据和归一化计数矩阵（来自dds_deseq对象）。
- epigenomics data.zip
- 文件格式：ZIP
- 内容说明：包含THP-1巨噬细胞单个CpG位点甲基化水平数据，通过Illumina Infinium MethylationEPIC v2.0 Kit检测，经minfi包（版本1.46）分析。数据经分位数归一化，仅保留检测p值小于0.05的CpG位点（MatrixProcessedGEO.txt），并通过getBeta函数获得各时间点的beta值（bValues.xlsx）。
适用场景
- 巨噬细胞炎症反应分子机制研究：分析促炎/抗炎暴露下基因表达和甲基化水平的变化规律。
- 转录组与表观组关联分析：探究基因表达与CpG位点甲基化的调控关系。
- 免疫相关疾病靶点筛选：识别炎症暴露中差异表达基因和甲基化位点，为疾病机制研究提供靶点。
- 药物研发潜在靶点评估：基于多组学数据评估炎症相关分子作为药物靶点的可能性。
