数据集概述
本数据集包含塞舌尔莺种群先天免疫受体基因TLR3的进化研究数据，涵盖25年间原始种群及衍生种群的TLR3基因型频率变化、生存与繁殖成功率关联分析等内容，支持论文Davies et al (2021)结果复现，共7个文件。
文件详解
- 文档文件
- 文件名称：ReadMe.txt
- 文件格式：TXT
- 内容介绍：数据集说明文档，解释文件用途及变量含义，提供作者联系方式
- 数据文件
- 文件名称：HWE_graph_data.csv
- 文件格式：CSV
- 字段映射：包含基因型（Genotype）、观测/预期标识（Obs_Exp_values、Obs_Exp）、类别（Category）、数值（value）等哈迪-温伯格平衡分析数据
- 文件名称：TLR3_CLEANED.csv
- 文件格式：CSV
- 字段映射：包含鸟类ID（BirdID）、性别（SexEstimate）、孵化年份（HatchYear）、出生岛屿（BirthIsland）、生存状态（Surv）等个体水平数据
- 文件名称：File_for_genepop_analysis.xlsx
- 文件格式：XLSX
- 内容介绍：用于Genepop分析的数据文件，含说明标签页
- 文件名称：Genotype_frequencies_islands.csv
- 文件格式：CSV
- 内容介绍：各岛屿种群TLR3基因型频率数据
- 文件名称：Genotype_frequencies.csv
- 文件格式：CSV
- 内容介绍：整体TLR3基因型频率数据
- 代码文件
- 文件名称：cleaned_TLR3_script.R
- 文件格式：R
- 内容介绍：TLR3数据清洗与分析的R脚本
数据来源
论文Davies et al (2021)《Contemporary evolution of the innate immune receptor gene TLR3 in an isolated vertebrate population》
适用场景
- 进化生物学研究：分析TLR3基因在塞舌尔莺种群中的当代进化动态及选择压力
- 免疫遗传学分析：探究先天免疫受体基因变异与个体生存、繁殖成功率的关联
- 种群遗传学研究：验证哈迪-温伯格平衡、分析基因型频率时空变化
- 保护生物学应用：评估瓶颈种群中免疫基因多样性的维持机制及进化潜力
- 生物信息学复现：使用提供的R脚本复现论文中TLR3基因的数据分析结果
