数据集概述
本数据集聚焦白蚁肠道螺旋体Treponema primitia的芳香族化合物间位裂解代谢途径基因，包含基因序列比对、系统发育分析结果及实验数据。涉及catechol 2,3-双加氧酶等关键基因的序列比对、系统发育树文件，以及生长数据、氧气渗透深度数据等实验记录，为研究该厌氧微生物的芳香族降解代谢提供支撑。
文件详解
- 基因比对文件（TXT格式）
- 文件示例：catechol 2,3-dioxygenase N-terminal domain with extra-domain region original MUSCLE alignment.txt、ferredoxin-like peptide original MUSCLE alignment.txt
- 内容说明：包含基因序列的原始MUSCLE比对结果，如catechol 2,3-双加氧酶N端结构域、铁氧还蛋白样肽等序列的比对信息
- 系统发育分析文件（NEX格式）
- 文件示例：catechol 2,3-dioxygenase N-terminal domain with extra-domain region ARB output.nex、2-hydroxymuconic semialdehyde hydrolase ARB output.nex
- 内容说明：通过ARB软件生成的系统发育分析输出文件，涉及catechol 2,3-双加氧酶结构域、2-羟基粘康酸半醛水解酶等基因的系统发育信息
- 系统发育树文件（TRE格式）
- 文件示例：acetaldehyde dehydrogenase Mr Bayes output.nex.con.tre、catechol 2,3-dioxygenase C-terminal domain with extra-domain region Mr Bayes output.nex.con.tre
- 内容说明：Mr Bayes软件输出的系统发育树结果，包含乙醛脱氢酶、catechol 2,3-双加氧酶C端结构域等基因的进化树文件
- 实验数据文件（XLSX格式）
- 文件示例：Raw growth (OD) data.xlsx、Depth of O2 penetration in Treponema primitia O2:aromatic gradient cultures.xlsx
- 内容说明：原始生长（OD）数据、Treponema primitia氧气-芳香族梯度培养中的氧气渗透深度数据
数据来源
论文“Data from: Catechol 2,3-dioxygenase and other meta-cleavage catabolic pathway genes in the 'anaerobic' termite gut spirochete Treponema primitia”
适用场景
- 微生物代谢途径研究：分析Treponema primitia芳香族化合物间位裂解代谢途径的基因构成与功能
- 系统发育分析：利用基因比对及系统发育树文件，研究相关基因的进化关系
- 微生物生理实验分析：通过生长数据、氧气渗透深度数据，探究该螺旋体在微氧环境下的代谢特性
- 碳循环研究：支撑白蚁肠道微生物参与木质素芳香族单体代谢及碳周转的相关研究
