数据集概述
本数据集围绕Triturus属蝾螈的快速物种辐射展开系统发育分析，包含38个基因标记的454测序数据，覆盖9个物种共20个个体。通过数据拼接、贝叶斯一致性分析及溯祖法物种树估计等方法，探究基因树冲突与物种树构建的复杂性，揭示不完全谱系分选等因素对结果的影响。
文件详解
- 454测序原始数据
- 文件名称：454sequencing_RAW_data.sff
- 文件格式：SFF
- 字段映射介绍：包含用于Triturus蝾螈物种树分析的38个基因标记的454测序原始数据
- 物种树数据
- 文件名称：Species_trees_StarBeast.zip
- 文件格式：ZIP
- 字段映射介绍：通过StarBeast方法构建的Triturus蝾螈物种树相关数据压缩包
- SNP报告
- 文件名称：SNP report and overview 454 run.xlsm
- 文件格式：XLSM
- 字段映射介绍：454测序运行的SNP检测报告及概述表格
- Sanger测序数据
- 文件名称：Sanger_sequencing.zip
- 文件格式：ZIP
- 字段映射介绍：Triturus蝾螈相关的Sanger测序数据压缩包
- 分析输入文件
- 文件名称：Input_files_BAPS_MrBayes_Bucky_StarBEAST.zip
- 文件格式：ZIP
- 字段映射介绍：用于BAPS、MrBayes、BUCKy、StarBEAST等分析工具的输入文件压缩包
- 基因树数据
- 文件名称：Gene_trees_MrBayes_BUCKy.zip
- 文件格式：ZIP
- 字段映射介绍：通过MrBayes和BUCKy方法构建的Triturus蝾螈基因树相关数据压缩包
- 序列比对数据
- 文件名称：Alignments.zip
- 文件格式：ZIP
- 字段映射介绍：Triturus蝾螈基因标记的序列比对数据压缩包
数据来源
论文“Data concatenation, Bayesian concordance and coalescent-based analyses of the species tree for the rapid radiation of Triturus newts”
适用场景
- 物种系统发育研究：分析Triturus蝾螈属的快速物种辐射过程及系统发育关系
- 基因树与物种树冲突分析：探究不完全谱系分选、杂交等因素对基因树一致性的影响
- 分子标记开发：基于38个基因标记数据，优化蝾螈类群的系统发育研究分子标记选择
- 生物信息学方法验证：比较数据拼接、贝叶斯一致性分析、溯祖法等物种树构建方法的适用性
- 进化生物学机制研究：揭示快速物种形成过程中的遗传分化与谱系演化规律
