数据集概述
该数据集为兔形目背部颜色生态与进化预测因素的研究提供支持，包含系统发育树、物种水平数据集、标本颜色提取数据及相关分析脚本，按分析步骤分类整理，覆盖分类学、颜色指标、环境变量等多维度信息。
文件详解
该数据集由多个目录和文件组成，具体说明如下：
- phylogeny/（系统发育树目录）:
- NodeDated_Allspp_1000.tre: 包含一千棵有时间标记的系统发育树
- lagomorpha_mcc.tre: 从树集中计算得出的最大进化枝可信度树
- final_dataset/（物种水平数据集目录）:
- final_df.csv: 整合物种水平颜色和环境变量的最终数据集，核心列包括：
- 分类与元数据：species_name（学名）、family（分类科）、pic_num（每物种使用照片数）、pelage_change（是否季节性换毛）、color_inputation（颜色值是否插补）
- 颜色指标：lightness（明度相关均值/中位数/标准差）、redness（红度相关均值/中位数/标准差）
- 环境变量：temp（年均温）、precipitation（年均降水量）、forest_struct（森林垂直结构指数）、uv_b（UV-B辐射）
- 地理数据：latitude（纬度）、longitude（经度）
- color_extraction/（标本水平颜色估计目录）:
- lightness_specimens.csv: 个体标本明度值数据集
- redness_specimens.csv: 个体标本红度值数据集
- 分析脚本文件:
- ancestral_reconstruction.R: 祖先颜色状态估计脚本
- brms_darkness.R: 明度贝叶斯系统发育回归模型脚本
- brms_redness.R: 红度贝叶斯系统发育回归模型脚本
- maps.R: 物种颜色地理可视化脚本
适用场景
- 进化生物学研究：分析兔形目物种背部颜色的系统发育信号及进化模式
- 生态适应研究：探究温度、降水、UV辐射等环境因子对动物颜色表型的选择压力
- 生物地理学分析：研究纬度梯度与物种颜色特征的关联
- 形态生态学研究：验证动物颜色与栖息地结构的匹配机制
- 统计方法应用：贝叶斯系统发育回归模型在表型-环境关联分析中的实践
